如何从制表符分隔文件转置选定的数据

Question

我有一个 3列的输入文件 -

File1 -     SNP    SampleID    Pairs (header)
            rs1     sample1    AG
            rs1     sample2    GT
            rs1     sample3    AG
            rs2     sample1    AG
            rs2     sample2    TT
            rs2     sample3    GG
            rs3     sample1    GG
            rs3     sample2    AG
            rs3     sample3    AG

预期的输出文件 - 矩阵类型，行中的所有SNP和列中的样本ID

example:    
     sample1    sample2    sample3 .........
rs1   AG          GT          AG
rs2   AG          TT          GG
rs3   GG          AG          AG

输入文件是一个标签分隔的输出文件，输出文件也应该是一个标签分隔的文件。

解决方案可以是Java。 编辑：我可以读取文件，但不知道如何以给定的格式将其写入另一个文件。

提前致谢。

Answer 1

要打印由标签分隔的字符串，请查看以下代码：

System.out.println(String.format("%s\t%s\t%s", "a", "b","c"));

当您打印出结果时，您只需将\t作为分隔符，因为此字符为tab。

如果使用StringBuffer连接行，则可以使用char代替字符串：

'\t'

而不是：

"\t"

Here您可以找到有关如何读取/写入CSV文件的更详细指南。