Question

我正在尝试创建平均值±标准误差的汇总表。到目前为止，我已经设法从SummarySE函数中提取mean和se列，但是我现在卡住了，无法弄清楚如何获取列名和行名。

数据：

structure(list(TREATMENT = c("A", "A", "A", "B", "B", "B", "C", 
"C", "C", "D", "D", "D", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "C", "C", 
"C", "D", "D", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "C", "C", "C", "D", 
"D"), TIME = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2), `Species 1` = c(1.64963636363636, 
1.6574, 1.58190909090909, 1.6365, 1.75075, 1.83825, 2.247, 1.95557142857143, 
2.35236363636364, 1.82253333333333, 1.37785714285714, 1.37892857142857, 
2.952125, 3.33311111111111, 3.0967, 3.3912, 3.89709090909091, 
3.51207692307692, 6.6176, 8.41072727272727, 7.3625, 7.19133333333333, 
4.88216666666667, 4.770625, 28.371125, 6.8786, 4.10457142857143, 
13.232, 8.66828571428571, 14.6534615384615, 51.7823333333333, 
42.5318333333333, 20.2263333333333, 13.396), `Species 2` = c(2.36021428571429, 
2.30930769230769, 3.01018181818182, 2.0195, 1.97107142857143, 
2.07614285714286, 1.85307142857143, 2.2695, 2.29286666666667, 
1.9504375, 1.95207142857143, 2.2144375, 2.57385714285714, 2.865, 
2.92928571428571, 2.8453, 2.63855555555556, 4.15657142857143, 
2.807375, 3.554, 6.12177777777778, 2.65541666666667, 3.7972, 
1.285, 4.755, 4.271, 2.5925, 2.83158333333333, 4.638, 16.8010833333333, 
13.1841666666667, 20.418, 3.24075, 3.0115), `Species 3` = c(2.1960625, 
2.28214285714286, 3.05583333333333, 2.16986666666667, 2.06655, 
2.54166666666667, 1.81271428571429, 1.89566666666667, 2.3227, 
2.80616666666667, 2.05, 1.97592857142857, 3.44611111111111, 1.745, 
2.9208, 4.6525, 3.89709090909091, 2.69244444444444, 2.7464, 5.93042857142857, 
5.18888888888889, 3.8943125, 4.054, 6.11511111111111, 2.518125, 
5.2216, 5.16908333333333, 2.59, 2.55716666666667, 9.12085714285714, 
31.5835714285714, 17.227, 5.98033333333333, 5.21509090909091), 
`Species 4` = c(2.00981818181818, 2.7604, 3.5535, 2.39085714285714, 
3.00138888888889, 2.835, 2.25311111111111, 3.00791666666667, 
2.55933333333333, 2.13933333333333, 2.331, 2.94761111111111, 
3.66525, 7.304125, 3.14788888888889, 7.37175, 5.1192, 4.46957142857143, 
2.73258333333333, 15.4874166666667, 5.9237, 4.81615384615384, 
3.7743, 8.0213, 28.192, 17.6561111111111, 17.3084375, 7.81390909090909, 
3.849, 9.618, 53.8383, 10.2361111111111, 17.9905454545455, 
5.6655)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, 
-34L), .Names = c("TREATMENT", "TIME", "Species 1", "Species 2", 
"Species 3", "Species 4"))

尝试：

library(Rmisc)
library(Reshape2)

melt <- melt(example, id=c("TREATMENT", "TIME"), value.name="growth", variable.name = "Species")

x <- summarySE(melt, measurevar = "growth", groupvars = c("TIME", "TREATMENT", "Species") )

xmean<-signif(x[,5],digits=3)

xse<-signif(x[,7],digits=3)

x<-paste(xmean,xse,sep=" \u00b1 ")

x

产地：

[1] "1.63 ± 0.024"  "2.56 ± 0.226"  "2.51 ± 0.273"  "2.77 ± 0.446"  "1.74 ± 0.0584" "2.02 ± 0.0304" "2.26 ± 0.144"

我有一种感觉，我将在很长一段时间内解决这个问题，是否存在创建发布就绪表的包这样的事情？像ggplot2的表格版本。我似乎找不到任何东西。

Answer 1

嗯，我似乎无法弄清楚你在总结的是什么。我没有Rmisc包，但假设你得到的答案是正确的，你可以将它包装在一个数据框中，并给每个度量一个行名称：

d=data.frame(summary=x, row.names=colnames(example)[3:ncol(example)])

例如，如果您按物种进行总结，那将是这样的：

                summary
Species.1  1.852 ± 0.28
Species.2  2.24 ± 0.338
Species.3  2.26 ± 0.371
Species.4 2.708 ± 0.465

编辑：由于summarySE输出已经是一个数据框，您只需要创建一个新列来按照您想要的方式格式化数据，然后重新设置它最终想要的样子。这是一个例子，与你使用reshape2保持一致：

x$summary = paste(round(x$growth, 3), "\u00b1", round(x$se, 3))
dcast(x, TIME+TREATMENT~Species, value.var='summary')

输出：

   TIME TREATMENT       Species 1      Species 2     Species 3       Species 4
1     0         A    1.63 ± 0.024   2.56 ± 0.226 2.511 ± 0.273   2.775 ± 0.446
2     0         B   1.742 ± 0.058   2.022 ± 0.03 2.259 ± 0.144   2.742 ± 0.182
3     0         C   2.185 ± 0.119  2.138 ± 0.143  2.01 ± 0.158   2.607 ± 0.219
4     0         D   1.526 ± 0.148  2.039 ± 0.088 2.277 ± 0.265   2.473 ± 0.244
5     1         A   3.127 ± 0.111  2.789 ± 0.109 2.704 ± 0.503   4.706 ± 1.308
6     1         B     3.6 ± 0.153  3.213 ± 0.475 3.747 ± 0.571   5.654 ± 0.879
7     1         C    7.464 ± 0.52  4.161 ± 1.004 4.622 ± 0.962   8.048 ± 3.832
8     1         D   6.037 ± 1.155  3.226 ± 0.571  3.974 ± 0.08   4.295 ± 0.521
9     2         A    13.34 ± 7.54  3.437 ± 1.085 4.618 ± 1.081  17.956 ± 5.825
10    2         B   8.668 ± 2.635  3.354 ± 0.646 3.439 ± 0.865   9.657 ± 3.993
11    2         C 36.323 ± 11.159 16.801 ± 2.088 19.31 ± 6.568 24.564 ± 14.638
12    2         D  16.811 ± 3.415  3.126 ± 0.115 5.598 ± 0.383  11.828 ± 6.163

来自SummarySE函数的发布就绪摘要表，R

1 个答案: