Question

我正在尝试将图形背景设置为dicom图像。我跟着this example，但dicom.pixel_array给出的图像数据不是RGBA。我也不确定如何转换它。我也不确定散景的期待是什么。我已经尝试在文档中找到细节，但没有运气。

from bokeh.plotting import figure, show, output_file
import dicom
import numpy as np


path = "/pathToDicomImage.dcm"
data = dicom.read_file(path)
img = data.pixel_array

p = figure(x_range=(0,10), y_range=(0,10))

# must give a vector of images
p.image_rgba(image=[img], x=0, y=0, dw=10, dh=10)

output_file("image_rgba.html", title="image_rgba.py example")

show(p)

此代码不会给我任何错误，但它不会显示任何内容。也许像素数组没有alpha数据，因此alpha默认为0？我不确定。另外，我无法弄清楚如何测试它。

解决

正如所指出的，我只需要将像素数据映射到rgba空间。对于这个例子，它意味着将数据复制到每个通道，并一直设置alpha。

def dicom_image_to_RGBA(image_data):
    rows = len(image_data)
    cols = rows
    img = np.empty((rows,cols), dtype=np.uint32)
    view = img.view(dtype=np.uint8).reshape((rows, cols, 4))
    for i in range(0,rows):
        for j in range(0,cols):
            view[i][j][0] = image_data[i][j]
            view[i][j][1] = image_data[i][j]
            view[i][j][2] = image_data[i][j]
            view[i][j][3] = 255
    return img

Answer 1

不是python的专家，我已经了解了pydicom处理像素数据的能力。我发现pixel_array是DICOM数据集的像素数据属性的值，因为并且pydicom没有提供将其转换为可以统一处理的某种标准格式的任何功能。这意味着在大多数情况下你必须将它转换为RGB，这是一个非常复杂且容易出错的任务。

在此考虑的事项：

编码（Big / Little Endian，各种压缩方法，如JPEG，JPEG-LS，RLE，ZIP） - DICOM属性（0002,0010）TransferSyntaxUID
pixeldata的类型（灰度，RGB，...） - DICOM属性（0028,0004）PhotometricInterpretation，（0028,0103）PixelRepresentation
在彩色图像的情况下：按照平面（RRRRR，...... GGGGG，..... BBBBB）或逐像素逐个编码的值（RGB RGB ...）
位深度和哪些位用于实际像素数据值（0028,0100）BitsAllocated，（0028,0101）BitsStored，（0028,0102）Highbit。
实际上是要显示的值的像素数据值，或者是颜色/灰度查找表的索引（0028,3000）ModalityLUTSequence，（0028,3002）LUTDescriptor，（0028,3003）LUTExplanation，（0028,3004））ModalityLUTType，（0028,3006）LUTData。

可怕，不是吗？对于一些现代图像类，如增强型磁带，还有更多。

但是，如果您限制特定类型的图像（例如计算机射线照相术）。上述限制适用于使您的生活更轻松。

如果您要发布图像标题的DICOM转储，我可以给您一些提示如何显示该特定图像。

HTH

kritzel

Answer 2

您需要做的是将pixel_array返回的像素数据映射到RGB空间。通常使用查找表（LUT）完成。在dicomparser库的dicompyler-core模块中查看函数GetImage和GetLUTValue。

在GetLUTValue中，它将数据映射到8位灰度图像。如果要使用其他LUT，则需要相应地映射颜色空间。

用Bokeh查看dicom图像

2 个答案: