我正在使用openslide-python
打开svs
图片,我遇到了以下问题:
>> import openslide as osi
>> a = osi.OpenSlide('image.svs')
产生错误
TIFFReadDirectory: Warning, Unknown field with tag 347 (0x15b) encountered.
image.svs: JPEG compression support is not configured.
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/home/manan/anaconda/lib/python2.7/site-packages/openslide/__init__.py", line 154, in __init__
self._osr = lowlevel.open(filename)
File "/home/manan/anaconda/lib/python2.7/site-packages/openslide/lowlevel.py", line 178, in _check_open
raise OpenSlideError(err)
openslide.lowlevel.OpenSlideError: Unsupported TIFF compression: 7
我无法在网上找到任何解决此问题的方案;我已经检查了libopenjpeg
以及任何其他相关库,以确保它们处于最新版本。
答案 0 :(得分:5)
if (!TIFFIsCODECConfigured(compression)) {
g_set_error(err, OPENSLIDE_ERROR, OPENSLIDE_ERROR_FAILED,
"Unsupported TIFF compression: %u", compression);
goto FAIL;
}
您会看到它使用libtiff
:函数TIFFIsCODECConfigured
由基础libtiff
库提供(请参阅man page)。
压缩标记设置为7
;这是不常见的JPEG ('new-style' JPEG)
压缩方案 - 有时也称为JPEG-in-TIFF
;您需要为其安装编解码器。
如果您还有幻灯片,请使用例如柯达成像,然后您可以使用不同的压缩再次扫描它们;但这将是一种反复的方式。尝试添加编解码器并在libtiff
中启用它可能更容易。
支持JPEG压缩由JPEG_SUPPORT控制。 libtiff附带的JPEG编解码器设计用于Independent JPEG Group的免费软件发行版的第5版或更高版本。可以从ftp.uu.net:/graphics/jpeg /.
目录中检索该软件
因此支持是可选的,您可能需要重建libtiff
(请参阅instructions)。
默认情况下,未配置JPEG支持。
参考文献: