Question

我有一个包含如下文件的目录：

1_reads.fastq
2_reads.fastq
89_reads.fastq
42_reads.fastq

我想将这些文件名的逗号分隔列表提供给python程序中的命令，因此python命令的输入将是这样的：

program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq

此外，我想在python命令中使用文件名中的数字作为标签函数，这样输入将如下所示：

program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq -t s1,s2,s89,s42

重要的是文件名和标签ID的顺序相同。

Answer 1

试试这个：

program.py $(cd DIR && var=$(ls) && echo $var | tr ' ' ',')

这会将$（..）中te命令行返回的字符串传递给program.py。

该命令行将：在您的目录中输入，运行ls将输出存储在变量中，这将删除换行符替换空格，并且它不会添加尾随空格。然后将该变量回应给＆＃39; tr＆＃39;这会将空格转换为逗号。

Answer 2

首先：这是一个非常糟糕的调用约定。不要使用它。

但是，如果您正在使用其他人编写的软件，那已经将该约定记录在......

中

#!/bin/bash
IFS=, # use comma as separator

files=( [[:digit:]]*_* )
[[ -e $files || -L $files ]] || { echo "ERROR: No files matching glob exist" >&2; exit 1; }

prefixes=( )
for file in "${files[@]}"; do
  prefixes+=( "s${file%%_*}" )
done

# "exec" only if this is the last command in the script; remove otherwise
exec program.py -i "${files[*]}" -t "${prefixes[*]}"

这是如何运作的：

IFS=,会导致${array[*]}在每个展开的元素之间添加逗号。因此，展开${files[*]}和${prefixes[*]}会创建逗号分隔的字符串以及每个数组的内容。
${file%%_*}删除文件名中第一个_之后的所有内容，只允许提取数字。
[[ -e $files || -L $files ]]实际上只测试该数组中的第一个元素是否存在（作为符号链接或其他方式）;但是，如果扩展为形成数组的glob与任何文件匹配，则总是如此（除非在两行之间删除文件并调用）。

Answer 3

可以在纯Bash中轻松完成。确保从包含文件的目录中运行。

#!/bin/bash

shopt -s extglob nullglob

# Create an array of files
f=( +([[:digit:]])_reads.fastq )

# Check that there are some files...
if ((${#f[@]}==0)); then
    echo "No files found. Exiting."
    exit
fi

# Create an array of labels, directly from the array f:

# Remove trailing _reads.fastq
l=( "${f[@]%_reads.fastq}" )
# And prepend the letter s
l=( "${l[@]/#/s}" )

# Now the arrays f and l are good: check them:
declare -p f l

# To join the arrays, we'll use eval. Safe because the code is single-quoted!
IFS=, eval 'program.py -i "${f[*]}" -t "${l[*]}"'

注意。这里使用eval非常安全，因为我们传递一个常量字符串（实际上这是一种不使用子shell或循环连接数组的惯用方法）。请勿修改命令，尤其是单引号。

_{感谢Charles Duffy说服我添加关于使用eval}的健康评论

在目录中为命令提供逗号分隔的文件名列表，从标签的文件名中提取变量motif

3 个答案: