Question

每当我运行包含这些行的脚本时：

   char ** gpu_reads;
   HANDLE_ERROR(cudaMalloc((void **)&gpu_reads, inputDim * sizeof(char *)));
   for(i=0; i<inputDim; i++) {
      HANDLE_ERROR(cudaMalloc((void **)&(gpu_reads[i]), (READS_LENGTH + 1) * sizeof(char)));
   }
   for(i=0; i<inputDim; i++) {
      HANDLE_ERROR(cudaMemcpy(gpu_reads[i], reads[i], sizeof(char) * (READS_LENGTH + 1), cudaMemcpyHostToDevice));
   }

第二行返回“未知错误”。我在我的程序中尝试了不同的分配（这是第一个），但没有一个工作。

这些行的目的只是分配一个数组（长度由用户固定，使用变量inputDim字符串（固定长度）。

我尝试了不同的版本（即仅使用3个指针，1个指针......）但似乎没有任何版本......

有什么想法吗？

我的GitHub repository提供了完整的代码，其中进行了许多分配。

Answer 1

您尝试执行的操作无法正常工作，因为您的代码会尝试访问您在主机上分配的内存。您无法访问主机上gpu_reads的元素，因为它不是有效的主机内存分配。

做这样的事情：

   char ** gpu_reads;
   char ** gpu_reads_h = new char*[input_dim];
   HANDLE_ERROR(cudaMalloc((void **)&gpu_reads, inputDim * sizeof(char *)));
   for(i=0; i<inputDim; i++) {
      HANDLE_ERROR(cudaMalloc((void **)&(gpu_reads_h[i]), (READS_LENGTH + 1) * sizeof(char)));
   }
   for(i=0; i<inputDim; i++) {
      HANDLE_ERROR(cudaMemcpy(gpu_reads_h[i], reads[i], sizeof(char) * (READS_LENGTH + 1), cudaMemcpyHostToDevice));
   }

   HANDLE_ERROR(cudaMemcpy(gpu_reads, gpu_reads_h, inputDim * sizeof(char *), cudaMemcpyHostToDevice);

即。首先在主机内存中构建最终设备指针数组的副本，然后将其复制到设备中。

CUDA分配字符串数组

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