Question

我有一个mongo数据库，其中包含我要传递给某些R脚本进行分析的信息。我目前正在使用mongolite包将信息从mongo传递到R。

我在每个名为checkedByR的mongo条目中都有一个字段，它是一个二进制文件，用于指示条目是否已由R脚本分析。具体来说，我正在通过其各自的mongo ID收集mongo条目，在条目上运行脚本，为checkedByR字段分配1，然后继续。

为了完整起见，我使用以下请求查询数据库：

library(mongolite)

mongoID <- "1234abcd1234abcd1234"

m <- mongolite::mongo(url = "mongodb://localhost:27017",
                      collection = "collection",
                      db = "database")

rawData <- m$find(query = paste0('{"_id": { "$oid" : "',mongoID,'" }}'), 
                  fields = '{"_id" : 1, 
                             "checkedByR" : 1, 
                             "somethingToCheck" : 1}')

checkedByR <- 1

但是，我无法使用新的checkedByR字段成功更新mongo条目。

我意识到update包中存在mongolite函数（请考虑：https://cran.r-project.org/web/packages/mongolite/mongolite.pdf），但我无法收集相关示例来帮助我完成更新过程。< / p>

非常感谢任何帮助。

Answer 1

mongo$update()函数采用query和update参数。您可以使用query查找要更新的数据，使用update告诉它要更新的字段。

考虑这个例子

library(mongolite)

## create some dummy data and insert into mongodb
df <- data.frame(id = 1:10,
                 value = letters[1:10])

mongo <- mongo(collection = "another_test", 
               db = "test", 
               url = "mongodb://localhost")

mongo$insert(df)

## the 'id' of the document I want to update
mongoID <- "575556825dabbf2aea1d7cc1"

## find some data
rawData <- mongo$find(query = paste0('{"_id": { "$oid" : "',mongoID,'" }}'), 
                      fields = '{"_id" : 1, 
                      "id" : 1, 
                      "value" : 1}')

## ...
## do whatever you want to do in R...
## ...

## use update to query on your ID, then 'set' to set the 'checkedByR' value to 1
mongo$update(query = paste0('{"_id": { "$oid" : "', mongoID, '" } }'),
             update = '{ "$set" : { "checkedByR" : 1} }')
## in my original data I didn't have a 'checkedByR' value, but it's added anyway

更新

rmongodb库已不再使用CRAN，因此以下代码无法使用

对于更复杂的结构和更新你可以做的事情

library(mongolite)
library(jsonlite)
library(rmongodb)  ## used to insert a non-data.frame into mongodb

## create some dummy data and insert into mongodb
lst <- list(id = 1,
            value_doc = data.frame(id = 1:5,
                                   value = letters[1:5],
                                   stringsAsFactors = FALSE),
                        value_array = c(letters[6:10]))

## using rmongodb
mongo <- mongo.create(db = "test")
coll <- "test.another_test"

mongo.insert(mongo, 
             ns = coll, 
             b = mongo.bson.from.list(lst))

mongo.destroy(mongo)

## update document with specific ID
mongoID <- "5755f646ceeb7846c87afd90"

## using mongolite
mongo <- mongo(db = "test", 
               coll = "another_test", 
               url = "mongodb://localhost")


## to add a single value to an array
mongo$update(query = paste0('{"_id": { "$oid" : "', mongoID, '" } }'),
                         update = '{ "$addToSet" : { "value_array" :  "checkedByR"  } }')

## To add a document  to the value_array
mongo$update(query = paste0('{"_id": { "$oid" : "', mongoID, '" } }'),
                         update = '{ "$addToSet" : { "value_array" : { "checkedByR" : 1} } }')

## To add to a nested array
mongo$update(query = paste0('{"_id": { "$oid" : "', mongoID, '" } }'),
                         update = '{ "$addToSet" : { "value_doc.value" :  "checkedByR" } }')

rm(mongo); gc()

有关详细信息，请参阅mongodb update文档

R：使用mongolite更新mongodb中的条目

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