我有一个命令在Mac（OSX El Cap）上键入终端时有效，但是当使用system()从R调用时，相同的命令失败。
我正在尝试使用MODIS Reprojection Tool批量处理MODIS卫星文件。我的软件都是最新的。
这是一个简单的例子，我将两个文件拼接在一起。这两个文件的名称位于名为input.list的文本输入文件中。该命令只告诉mrtmosaic例程在哪里找到输入列表以及输出的位置。
此命令在终端中正常工作：
/Applications/Modis_Reprojection_Tool/bin/mrtmosaic -i ~/temp/input.list -o ~/temp/output.hdf
但是，如果我将完全相同的字符串放入变量并从R（使用RStudio）运行它，它就会失败：
comstring<-"/Applications/Modis_Reprojection_Tool/bin/mrtmosaic -i ~/temp/input.list -o ~/temp/output.hdf"
system(comstring)
警告：gctp_call：未找到环境变量：
MRT_DATA_DIR或MRTDATADIR未定义 错误：GetInputGeoCornerMosaic：常规处理将纬度/经度坐标转换为输入投影坐标时出错 致命错误，终止......
奇怪的是系统知道环境变量是什么。在终端中，命令
echo $MRT_DATA_DIR
显示正确的目录： / Applications / Modis_Reprojection_Tool / data
我不知道为什么在终端没有问题的情况下从R system()电话中找到变量时会遇到问题。我很难过！
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我将此问题发布到R帮助列表中，有两个人帮我解决了这个问题。他们建议（如果我理解的话）问题是OSX El Capitan没有成功地将环境变量传递给R.无论如何：
这些不有效：
.bash_profile中设置环境变量（例如，通过添加和导出MTR_DATA_DIR="/Applications/MRT/data"）;或.Rprofile文件来设置环境变量。这些做工作：
Sys.setenv(MRT_DATA_DIR="/Applications/MRT/data")在R命令行设置环境变量;或.Renviron文件（位于我的主目录中）中设置环境变量，方法是向其添加MRT_DATA_DIR="/Applications/MRT/data";或MRT_DATA_DIR="/Applications/MRT/data" open -a Rstudio。最后一种方法是一种有效的解决方法，也是一个有用的工具，但是有点笨拙，因为每次都必须记住以这种方式打开RStudio。