Question

我想在我的包中加入mice :: mice函数来对我的数据进行估算。

我使用Roxygen列出导入

#' @param data dataset to be used for imputation
#' @importFrom dplyr select_
#' @importFrom mice mice complete
#' @return A list
#' @export
#' 
impute_data <- function(data, vars, seed)
{
     data_used <- select_(data,vars)
     mice_data <- complete(mice(data_used, seed = seed))
     return(mice_data)
}

当我测试代码时，此函数正常工作，但是当我构建包并尝试使用它时，我收到以下错误

Error in check.method(setup, data) : 
  The following functions were not found: mice.impute.pmm,mice.impute.pmm, mice.impute.pmm, mice.impute.pmm, mice.impute.pmm

我尝试在导入中添加错误中提到的所有函数，但它对结果没有任何影响。

我错过了什么？我从未发现过这样的问题。

Answer 1

您忘记处理DESCRIPTION文件了！你只处理impute_data.R。

您的问题非常类似于： What roxygen should I put when I use a function of another package in my function

我在那里给了答案（请在发布任何问题之前搜索类似的问题）。对于你的情况：

首先，了解你的

sessionInfo() 
getwd() # your R's working directory
.libPaths() # your R's library location

Step0 下载并安装必要的软件包：

library(roxygen2)
library(devtools)
library(digest)

Step1 将您所有相关的＆＃34; .R＆＃34;文件（yourfunction1.R，yourfunction2.R，yourfunction3.R，impute_data.R）到你的R工作目录。

Step2 在R的工作目录中创建您的包骨架：确保没有名为＆＃34; yourpackage＆＃34;的文件夹。在运行以下命令之前，在R的工作目录中。（来自R＆＃39的控制台）

package.skeleton(name = "yourpackage", code_files = c("yourfunction1.R", "yourfunction2.R", "yourfunction3.R", "impute_data.R"), path = ".")

运行package.skeleton后，在您的R工作目录中创建了文件夹。

从Windows资源管理器中删除Read-and-delete-me文件删除＆＃34; yourpackage-package.Rd＆＃34;在YourR＆＃39; sWorkingDirectory \ yourpackage \ man文件夹中的文件
（不要在YourR＆＃39; sWorkingDirectory \ yourpackage \ man文件夹中删除＆＃34; yourpackage.Rd＆＃34;文件！）

Step3 在你的＆＃34; .R＆＃34;的序言结束时文件（impute_data.R），放入以下内容（如果你在步骤1中没有这样做）：

#' @importFrom mice mice
#' @importFrom mice complete
#' @export
impute_data <- function(...) {...

Step4 在您的软件包的DESCRIPTION文件中，在Imports部分中添加：

Imports:
    mice(>= VersionNumber)

其中VersionNumber是您正在使用的鼠标包的版本号。您可以在RevolutionREnterprise的对象浏览器中右键单击任何函数（来自您的包）找到版本号;并在最终的.html帮助文件的底部。在那里，显示了包的版本号。

在Step2中，package.skeleton自动生成一个NAMESPACE文件，其内容为：

exportPattern("^[[:alpha:]]+")

请勿手动处理此NAMESPACE文件。

Step5 为您想要创建的包裹（＆＃34; yourpackage＆＃34;）

library(roxygen2)
roxygenize("yourpackage")

在进行漫游时，您的包的NAMESPACE文件的内容会自动从exportPattern("^[[:alpha:]]+")转换为

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(impute_data)
importFrom(mice,mice)
importFrom(mice,complete)

Step6 构建您的软件包：
（首先，从Windows资源管理器中删除YourR＆＃39; sWorkingDirectoryFolder \ yourpackage文件夹中的＆＃34; src-i386＆＃34;以及＆＃34; src-x64＆＃34;文件夹（如果有）（再次确保YourR＆＃39; sWorkingDirectory \ yourpackage \ man文件夹中没有＆＃34; yourpackage-package.Rd＆＃34;文件。如果有，请在构建之前将其删除）

build("yourpackage")

Step7 安装您的软件包：

install("yourpackage")

Step8 通过加载包并在包中运行函数来检查一切顺利。

library(yourpackage)
impute_data(a,b,1235) # "impute_data" is the function in the package "yourpackage"

Step9 检查您的软件包是否可以加载到CRAN（Comprehensive R Archieve Network）（如果您想共享软件包）：

（首先，从Windows资源管理器中删除YourR＆＃39; sWorkingDirectoryFolder \ yourpackage文件夹中的＆＃34; src-i386＆＃34;以及＆＃34; src-x64＆＃34;文件夹（如果有））（再次确保YourR＆＃39; sWorkingDirectory \ yourpackage \ man文件夹中没有＆＃34; yourpackage-package.Rd＆＃34;文件。如果有，请在检查前将其删除）

从DOS命令提示符：
开始 - cmd - 输入。转到R的工作目录（您的R工作目录通过getwd（）知道）并进行CRAN检查：

cd C:\Users\User\Documents\Revolution
R CMD check yourpackage

来自R＆＃39的控制台：

devtools::check("C:/Users/User/Documents/Revolution/yourpackage")

在R包中导入鼠标功能时出错

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