如何合并不以特定字符开头的行

Question

如果我有以下内容：

>A13P0
ACCATAGAGAG
CCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGT
TTAGAGGGAGA

如何合并不以>开头的行？

即

>A13P0
ACCATAGAGAGCCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGTTTAGAGGGAGA

谢谢！

Answer 1

perl -ne'
   if (/^>/) {
      print("\n") if $. != 1;
   } else {
      chomp;
   }
   print;
} {
   print("\n") if $. != 1;
'

有关用法，请参阅Specifying file to process to Perl one-liner。

Answer 2

我知道这已被问过/回答了一千次，但我找不到：

$ awk '/^>/{print (NR>1?ORS:"") $0; next} {printf "%s", $0} END{print ""}' file
>A13P0
ACCATAGAGAGCCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGTTTAGAGGGAGA

Answer 3

使用perl命令行：

perl -pE '$.>1 && !s/^>/\n>/ && chomp; END{say}' file

Answer 4

使用sed：

$ sed ':a;$!N;/>/!{s/\n\([^>]\)/\1/;ta};P;D' file
>A13P0
ACCATAGAGAGCCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGTTTAGAGGGAGA