Question

我是新手，我正在尝试修改下面的代码，以便花费更少的时间来运行。（现在需要很长时间。）如果可能的话，请帮助或提出任何建议。先谢谢你。

#!/bin/sh
for pheno in `cat /wrk/abc/composition/results/list.txt`; do
  header=`head -1 /wrk/abc/composition/results/"$pheno"/meta_"$pheno".out`
  echo "pheno $header" > results.txt
  for pheno in `cat /wrk/abc/composition/results/list.txt`; do
    awk -v p="$pheno" \
        'NR == FNR{a[$1]; next}($3) in a{print p, $0}' \
        list.txt \
        /wrk/abc/composition/results/"$pheno"/meta_"$pheno".out \ 
        >>  results.txt
  done
done

Answer 1

假设 list.txt 是行分隔的，这里是相同的代码简化，没有无用的cat，（for循环交换为while read s），并使用cd来减少不可读的长路径，然后是一些注释。它应该只是快一点，并像以前一样工作相同的，例如：

cd /wrk/abc/composition/results/
while read pheno ; do
    { echo -n pheno; head -1 "$pheno"/meta_"$pheno".out ; } \
       > results.txt
    while read pheno ; do
        awk -v p="$pheno" \
            'NR == FNR{a[$1]; next}($3) in a{print p, $0}' \
            list.txt \
            "$pheno"/meta_"$pheno".out \ 
            >>  results.txt
    done < list.txt
done < list.txt
cd -
mv /wrk/abc/composition/results/results.txt ./

最明显的错误是有两个循环，一个嵌套在另一个循环中;两者都使用相同的变量名称（ $ pheno ），两者都输入相同的文件（ list.txt ） - 令人惊讶的是，这种代码可能正常运行，尽管令人困惑。但这必然会导致速度减慢，因为内部循环在同一个输入文件上运行awk。因此，如果 list.txt 中有100行，则该文件可能会被读取1,000,000次。

然后是 results.txt ，内部循环将数据附加到，并且外部循环会在每个循环中覆盖。因此， results.txt 只会填充最后一个周期的数据。

可能修改嵌套for循环

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