Question

我的数据如下：

CHROM           Mutant_SNP_2
3RD                 T
4RD                 C
5RD                 
6RD                 G
7RD                 A
8RD

我有一个CSV数据帧。我想从列＃34; Mutant_SNP_2＆＃34;有多少行有一个条目，因此不希望计算任何空白＆＃34; ＆＃34 ;.我正在通过专栏＆＃34; CHROM＆＃34;将其分开。我在dplyr中使用此代码在布局方面获得了正确的输出： count(combined, Mutant_SNP_2, wt = CHROM, sort = FALSE)但是它只计算空白行而不是具有值的行。任何想法都非常感激。我得到的输出：

 Mutant_SNP_2                         CHROM.x     n
         (fctr)                          (fctr) (int)
1               gi|339957448|gb|AENI01001139.1|    23
2               gi|339957449|gb|AENI01001138.1|     9
3               gi|339957451|gb|AENI01001136.1|    97
4               gi|339957452|gb|AENI01001135.1|   116
5               gi|339957453|gb|AENI01001134.1|   175
6               gi|339957454|gb|AENI01001133.1|     2
7               gi|339957455|gb|AENI01001132.1|    78
8               gi|339957456|gb|AENI01001131.1|    51
9               gi|339957457|gb|AENI01001130.1|     2
10              gi|339957458|gb|AENI01001129.1|    52
..          ...                             ...   ...

Answer 1

您可以尝试使用功能table，TRUE行将为您提供非空白值的数字，CHROM值：

table(df$Mutant_SNP_2!="", df$CHROM)

您可以使用table(df$Mutant_SNP_2!="", df$CHROM)[2, ]

直接获得结果

示例：的

set.seed(123)
df <- data.frame(CHROM=sample(letters[1:3], 10, replace=TRUE), Mutant_SNP_2=sample(c("", "not blank"), 10, replace=TRUE), stringsAsFactors=FALSE)

table(df$Mutant_SNP_2!="", df$CHROM)
#        a b c
#  FALSE 0 2 3
#  TRUE  2 2 1

table(df$Mutant_SNP_2!="", df$CHROM)[2, ]
# a b c 
# 2 2 1

Answer 2

我们可以尝试对由df$Mutant_SNP_2 != ""分组的布尔矢量CHROM进行求和。这是有效的，因为TRUE将被强制转换为1，而FALSE将被强制转移到0。

library(dplyr)
df %>% group_by(CHROM) %>%
  summarise(n = sum(Mutant_SNP_2 != "")) 

   CHROM     n
  (fctr) (int)
1    3RD     1
2    4RD     1
3    5RD     0
4    6RD     1
5    7RD     1
6    8RD     0

Answer 3

试试这个：

sh abc.sh "Hi" & sleep 60 & sh abc.sh "Hello" & sleep 60 & sh abc.sh "how";
var_err=$?
if [ $var_err != 0 ]; then
            flag=FAIL
            MASTER_RUN_STATUS_UPDATE "$flag"
            break;
        else
            flag=SUCCESS
            MASTER_RUN_STATUS_UPDATE "$flag"
        fi

也许这个？

library(data.table)

setDT(df)[ Mutant_SNP_2 != "", .(count = .N), by=CHROM]

Answer 4

我们可以ave base R来执行此操作

with(df1, as.numeric(ave(Mutant_SNP_2, CHROM, 
               FUN= function(x)  sum(nzchar(x)))))
#[1] 1 1 0 1 1 0

R：列中除空格之外的条目数

4 个答案: