Question

我正在执行正则表达式搜索，并且希望仅打印出fasta格式的点击（两行数据：第一行以胡萝卜开头“＆gt;”后跟点击，第二行没有胡萝卜，但仍然包含命中信息。）我可以成功生成输出multifasta文件，但无论是否有命中，胡萝卜和换行符都包含在输出文件中。

生成输出：

    > 

    >

    >TAGCTAGC
    TAGCTAGC
    >

    >GCTAGCTA
    GCTAGCTA

期望的输出：

    >TAGCTAGC
    TAGCTAGC  
    >GCTAGCTA  
    GCTAGCTA

这是我的代码：

    #!/usr/bin/perl 
    use warnings; 
    use strict; 

    open(CLUSTER, ">", "SequencesToCluster.txt") or die $!; 

    my @TrimmedSequences; 

    my @ArrayofFiles = glob ("~/BLASTdb/Individual_Sequences_*"); 

    foreach my $file (@ArrayofFiles){ 
        open (my $sequence, $file) or die "can't open file: $!"; 
        while (my $line = <$sequence>){ 
            if ($line !~/^>/){ 
            my $seq = $line; 
            $seq =~ s/\R//g; 
            $seq =~ m/([TAGC]{16})(CGGAGCTTTA|GCCATTTCT|TAAAGCTCCG|AGAAATGGGC/; 
            push(@TrimmedSequences, ">", $1, "\n", $1, "\n");  
            } 
       } 
    } 
    #Here I believe I need to manipulate the array to get rid of blank fastas
    print CLUSTER @TrimmedSequences;

Answer 1

如果您要过滤数组，则该工具为grep。

E.g。

my @new_array = grep { not /^\s*$/ } @old_array;

这将过滤任何只是空格的元素。在您的情况下，因为它是空的或只是>：

而是{p> /^>?\s*$/。

然而，这正在解决首先不需要存在的问题。你可以改为：

$seq =~ m/([TAGC]{16})(CGGAGCTTTA|GCCATTTCT|TAAAGCTCCG|AGAAATGGGC)/ 
       && push(@TrimmedSequences, ">", $1, "\n", $1, "\n");

如果正则表达式匹配，那只会push。

从阵列中删除空白正则表达式命中

1 个答案: