Question

我正在使用perlbrew，我想安装最新的bioperl版本。我应该使用cpanm还是git？

如果git - 我是否像往常一样安装（AKA git clone ...然后制作和制作），或者我应该做些什么特别的事情？

更新

具体来说，我不确定我是否理解BioPerl Using Git manual中的以下专家：

告诉perl在哪里可以找到BioPerl （假设你检查了代码 $ HOME / src目录;把它设置在你的 .bash_profile，.profile或.cshrc）：
bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

为什么这是必要的？

更新2

简单地导出bioperl克隆目录不会影响所有bp_***.pl脚本（通常/usr/bin/安装后通常在Build下找到）。

我还尝试使用perlbrerw切换到正确的perl版本后从克隆的dir构建，但是它运行cpan shell来安装一些似乎与perlbrew不兼容的依赖项（而不是cpanm）。

所以，我的问题仍然是......

谢谢！

Answer 1

最新BioPerl总是在GitHub，所以git就是你的回答。你是否想要出血是另一回事，但是在关注BioPerl邮件列表一段时间之后，我觉得如果你对BioPerl有任何问题，开发人员更有可能说“install from GitHub”，特别是most recent version on CPAN是从2009年开始的。自那以后有很多发展。

至于安装它，我不明白你为什么不能继续使用你的git clone ... perl进行标准perlbrew制作/构建舞蹈，因为那种perlbrew的重点。： - ）

更新问题更新：关于设置PERL5LIB的模糊信息已经存在，因为一旦您通过git克隆它，可能不需要构建BioPerl;它可以直接使用。假设您没有将其克隆到@LIB中的目录中，您需要告诉Perl在哪里找到它。无论您是否使用perlbrew，都必须这样做。

基本上这个过程是这样的：

来自GitHub的Clone BioPerl。
确保您使用的是perlbrew - 已安装的Perl。
根据BioPerl说明设置PERL5LIB环境变量。
运行perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;'以确保您使用刚检出的BioPerl。

查看the sourcecode，＃4应打印出1.006900，我认为（或者1.6.9，我永远不会保留Perl版本号。）

使用perlbrew时如何安装最新的BioPerl版本？

1 个答案: