从pubchem中提取匹配单一同位素质量的sdf文件

Question

我试图以与某一精确质量相匹配的化合物的sdf格式从pubchem数据库中提取化学结构，并且精确质量的质量为10ppm（exactmass-cmpndmass / exactmass）* 10 ^ 6 。有没有办法使用与pubchem连接的python或java编程语言来实现这一点。

Answer 1

PubChem有一个REST API来下载化学结构。为了检索给定质量范围内的PubChem复合记录，应启动Entrez查询以生成CID列表.100：100.01是该示例的质量范围。

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pccompound&usehistory=y&retmax=0&term=100:100.01[exactmass]

您可以参考本教程 Power user gateway