Question

如果对某些人来说这是一个简单的问题我很抱歉，但我无法在任何地方找到解决方案。我是一个RStudio初学者，我想从RStudio中调用一个开源fortran77模拟程序（其中还有c和c ++代码）的特定例程。 Fortran程序正在使用Makefile进行编译，它会生成许多.o目标文件（顺便说一句，我使用的是Unix）。我在fortran中编写了一个包装文件，它与模拟程序一起编译，它应该由RStudio用于调用fortran例程。我生成该包装文件的共享对象文件.so如果我在该包装文件中进行简单计算，则一切正常。我遵循与此优秀帖子相同的流程： http://www.r-bloggers.com/fortran-and-r-speed-things-up/

我成功使用了dyn.load和.Fortran，只要我不调用位于另一个文件中的子程序（并且对应于其他目标文件和其他.so文件），我就会得到结果。当我尝试从包装器子例程中调用另一个子例程时，我收到以下错误：

Error in dyn.load("rwrapper.so") : 
  unable to load shared object '/home/adminuser/ESP-rSource/src/esrubps/rwrapper.so':
  /home/adminuser/ESP-rSource/src/esrubps/rwrapper.so: undefined symbol: runit_

runit（没有下划线）是另一个子程序，它位于另一个文件中并具有另一个目标文件。然后我尝试为该runit子例程创建第二个共享对象文件，我也用dyn.load加载它，但它没有解决问题。我可能在这里做错了但我不知道是什么。我是否需要将所有目标文件转换为.so共享对象文件，然后使用dyn.load加载它们中的每一个（大约有100个.o文件）或者“包装器/通信”文件方法是否有效？有没有办法在fortran程序和RStudio之间建立通信？我在这里粘贴我的RStudio脚本仅供参考（请注意，第二个dyn.load没有区别）：

myrwrapper <- function(rrrandom) {
  if (!is.loaded('rwrapper')) {
    dyn.load("rwrapper.so")
  }
  if (!is.loaded('esru_lib')) {
    dyn.load("./home/adminuser/ESP-rSource/src/lib/esru_lib.so")
  }
  retvals <- .Fortran("RXCHNGE",icomp = as.integer(2), rCOUPLEVAR = as.numeric(rrrandom))
  return(retvals$rCOUPLEVAR)
}

一个简单的解决方案就是从两个程序中读取/读取文本文件并通过该文件交换数据，但我的理解是，这会使模拟真的很慢，因为需要打开/关闭文件几乎每一步，所以我试图避免这种方法。谢谢你的帮助。

Answer 1

这实际上比我想象的容易得多。共享的.so文件是一个新手错误。创建共享文件并将其链接到两个（或更多）目标文件而不是一个时，问题就解决了。例如，如果你有1.F，它调用2.F和相应的1.o和2.o，你应该在创建共享文件时包括这两个文件： gfortran -shared -o 1plus2.so 1.o 2.o

rstudio调用fortran子例程 - 未定义的符号错误

1 个答案: