在Rshiny

Question

我正在使用Rshiny绘图来创建带有文本标签的散点图。以下是一个可重复的例子：

library(ggplot2)
library(plotly)
dat <- data.frame(LongExpressionValue = rnorm(1:100), 
                  LongMethylationValue = rnorm(1:100), 
                  LongCopyNumberValue = rnorm(1:100))

rownames(dat) <- paste0('n',seq(1:100))

# ggplot
p <- ggplot(data = dat, aes(x = LongExpressionValue, y = LongMethylationValue)) + 
  geom_point(size = 2) + geom_smooth(method = lm) +
  geom_text(aes(label = rownames(dat)), vjust=-1.5, size = 3)

# ggplotly
ggplotly(p)

这会产生如下情节：

如何调整我的geom_text选项，使标签显示在上方而不与点重叠？我确实希望保留我的ggplot代码，以便跨应用程序使用它。

谢谢！

Answer 1

试试这个：

plot_ly(data = dat, 
        x = LongExpressionValue, 
        y = LongMethylationValue, 
        text = rownames(dat), 
        marker = list(size = 10), 
        mode = "markers+text",
        textposition = 'top center')

当您可以直接访问源代码时，不值得在ggplot2上努力工作。这是非常宝贵的：https://plot.ly/r/reference/

plot_ly或layout中的所有内容都是列表，因此您可以轻松设置参数（请注意marker = list(size = 10)）

编辑：稍微复杂一点，显示hoverinfo +文字的强大功能：

plot_ly(data = dat, 
        x = LongExpressionValue, 
        y = LongMethylationValue, 
        text = paste0(rownames(dat), 
                      '<br>A:', 1:nrow(dat), #Examples of additional text
                      '<br>B:', sample(nrow(dat))), #Examples of additional text
        hoverinfo = 'text+x+y',
        marker = list(size = 10), 
        mode = "markers+text",
        hoverinfo = 'text',
        textposition = 'top right')

Answer 2

如果您想坚持使用ggplot2并保持平滑的线条，您可以稍微增加点的大小，并在每个点内添加标签：

p <- ggplot(data = dat, aes(x = LongExpressionValue, y = LongMethylationValue)) + 
  geom_point(size = 7) + geom_smooth(method = lm) +
  geom_text(aes(label = rownames(dat)), size = 2, color="white")

# ggplotly
ggplotly(p)

Answer 3

如果您想留在 ggplot2 ，则必须在textposition列表中添加plotly_build元素。即使设置了textposition和plotly_build选项，原始hjust中也会遗漏vjust。

这样可行：

#devtools::install_github("ropensci/plotly") # if not already done
library(ggplot2)
library(plotly) 
dat <- data.frame(LongExpressionValue = rnorm(1:100),
              LongMethylationValue = rnorm(1:100),
              LongCopyNumberValue = rnorm(1:100))

rownames(dat) <- paste0('n',seq(1:100))  

gg <- ggplot(data = dat, aes(x = LongExpressionValue, y =LongMethylationValue)) + 
geom_point(size = 1) +
geom_smooth(method = lm) +
geom_text(aes(label = rownames(dat)), size = 3)

p <- plotly_build(gg)

length<-length(p$x$data)
invisible(lapply(1:length, function(x) p$x$data[[x]]<<-c(p$x$data[[x]], textposition ='top center')))

p