Question

我需要使用python读取CDF文件。我找到了库，但我不明白如何使用它。例如，在此（pythong lib），我需要下载CDF lib，我不知道在哪里下载。有CDF的下载页面，但它似乎与这个库无关。

Answer 1

@miraculixx的answer是正确的，但它假设您已经安装了CDF C Library。

如果您在SO上发现此问题之前甚至不知道CDF文件格式是什么，那么这是一个易于理解的指南。

<强> 1。下载最新版本的CDF C库：

您可以在此link找到最新的稳定版本。使用wget获取源代码，然后将其解压缩。 注意：如果您要在不同的路径下载代码，以下内容将在当前文件夹./中创建一个目录，请确保更改以下代码。

wget -r -l1 -np -nd -nc http://cdaweb.gsfc.nasa.gov/pub/software/cdf/dist/latest-release/linux/ -A cdf*-dist-all.tar.gz
tar xf cdf*-dist-all.tar.gz -C ./
cd cdf*dist

<强> 2。安装所有依赖项：

SpacePy和CDF图书馆有几个依赖关系（正如@Michal Dyzma所指出的那样）。您可以使用conda或pip和apt安装所有内容。

pip install numpy scipy h5py matplotlib networkx
apt install build-essential gfortran libncurses5-dev

第3。编译C库：

您应该下载一个README.install文件，其中包含有关此步骤的更多详细信息，而不是我提供的内容。两美分是你要检查哪些编译变量是你的系统和需要的必需/可选。

make all.help

我将使用GNU C编译器构建Linux发行版。我对FORTRAN接口不感兴趣，我的操作系统支持可共享库。我想安装基于Curses的工具包程序，这些程序允许使用基于命令行的交互式CDF工具（这就是我们在步骤2中安装libncurses5-dev依赖项的原因）。结果这是最后的make命令：

make OS=linux ENV=gnu CURSES=yes FORTRAN=no UCOPTIONS=-O2 SHARED=yes -j4 all
make install #no sudo

安装应平稳运行，并添加./bin，./include和./lib子目录中的所有文件。

<强> 4。设置环境变量：

./bin中应该有一个名为definitions.B的文件会自动为您执行此操作，并使其chmod+x可执行，并将以下行添加到~/.bashrc（< strong>注意： 1）我假设您在路径$HOME/Libraries/处安装了库; 2）.）之后有一个空格：

. $HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist/bin/definitions.B

重要提示： 上面的文件在第68行有一个错误，而不是附加到环境变量LD_LIBRARY_PATH它会覆盖它。修复很简单，请使用以下内容替换第68行：

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist/lib:$LD_LIBRARY_PATH

如果由于某种原因definitions.B不存在，只需添加以下内容：

export CDF_BASE=$HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist
export CDF_INC=$CDF_BASE/include
export CDF_LIB=$CDF_BASE/lib
export CDF_BIN=$CDF_BASE/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$CDF_BASE/lib:$LD_LIBRARY_PATH

<强> 5。你已经完成所有工作，去做好事：

假设您使用pip安装了spacepy，则以下内容应该是开箱即用的：

from spacepy import pycdf
cdf = pycdf.CDF('/path/to/file.cdf')
print(cdf)

Answer 2

如果您安装了Python的软件包工具pip，则可以按如下方式获取spacepy cdf库：

$ pip install git+https://github.com/spacepy/spacepy.git

注意这会安装很多依赖项，包括numpy和scipy。从头开始安装这些可能有点困难。您可能希望首先安装现成的软件包，例如anaconda。一旦完成，只需使用上面的命令，spacepy应该像轻而易举地安装。

一旦spacepy的安装成功，根据这个example它应该是这样的：

from spacepy import pycdf
cdf = pycdf.CDF('/path/to/file.cdf')
print(cdf)

Answer 3

前一段时间我遇到了同样的问题。我假设你在Windows上工作......

根据Spacepy文档，您需要多个依赖项才能使用其cdf模块。

首先所有的SpacePy官方只支持32位python版本，因此你必须在323bit中使用python。

第二，它需要在您的系统中安装NASA CDF库（也是32位版本）。你可以从中获取它 here

第三次继续使用Spacepy依赖项：

numpy的
SciPy的
matplotlib
h5py
networkx
ffnet

他们中的大多数都是Anaconda捆绑的一部分。如果不是，您只需安装pip install <package name>。

如果您从源代码编译时遇到问题，我建议您访问Christoph Gohlke网站并获取与您的python版本匹配的Windows预构建二进制文件。 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

这可以让你使用Spacepy CDF模块。

您也可以尝试其他方法。从NASA页面下载CDF-to-netCDF转换器并在CDF文件上运行它。

Python有很好的netCDF模块，可以从GitHub或python repo安装。在这种情况下，您还需要几个依赖项，如HDF5，netCDF-4，numpy，cython。

拥有netCDF文件后，您可以使用netCDF模块或scipy.io模块访问它。

Answer 4

Maven的CDFLib是纯python替代品。 https://github.com/MAVENSDC/cdflib

pip install cdflib

在您的代码中：

import cdflib

cdf_file = cdflib.CDF('/path/to/cdf_file.cdf')

如何在Python中读取通用数据格式（CDF）

4 个答案: