Question

我的三个子文件夹 folder1，folder2，folder3 中有许多名为tst.bam的对象。我想合并每个子文件夹中存在的bam文件，并将合并的bam文件命名为子文件夹名称（folder1.bam，folder2.bam，folder3.bam）。

用于合并多个bam文件的

命令是

java -jar picard.jar MergeSamFiles \
      I=input_1.bam \
      I=input_2.bam \
      O=merged_files.bam

bam.dir<- c("folder1","folder2","folder3")

for (i in 1:length(folder1)){
      all.bam.files <- list.files(folder1[i], pattern = "pairs.bam",full.names=T)
        szFiles <- list.files(path = folder1[i],pattern = "_pairs.bam$",full.names = TRUE) 
        szNewFiles <- dQuote(szFiles)
NszFiles <- paste(paste("I=", szNewFiles, sep =""),collapse = " ",sep ="")
 system(paste0("java -XX:ParallelGCThreads=5 -Djava.io.tmpdir=tmp/ -Xmx8g -jar picard.jar MergeSamFiles"), cat(c(NszFiles,"\n")), "O= ", paste(basename(folder1[i]),".bam", sep = ""))
  }

收到错误

系统错误（paste0（“java -XX：ParallelGCThreads = 5 -Djava.io.tmpdir = tmp / -Xmx8g -jar.jar MergeSamFiles“），：'intern'必须为TRUE或FALSE

我知道这不是最好的做法，而是渴望看到优雅的方式。

Answer 1

由于您似乎倾向于使用R处理bam文件，因此您可能对override func viewDidLoad() { super.viewDidLoad() // Do any additional setup after loading the view, typically from a nib. let imageURL = NSURL(string: "https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/98/Angels_Stadium.JPG/1920px-Angels_Stadium.JPG")! let task = NSURLSession.sharedSession().dataTaskWithURL(imageURL) { (data, response, error) in guard error == nil, let data = data else { return } let downloadedImage = UIImage(data: data) dispatch_async(dispatch_get_main_queue()) { self.imageView.image = downloadedImage } } task.resume() }感兴趣。它和samtools一样快，因为它在后台运行samtools编译的C代码。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html

例如：

Rsamtools

循环遍历多个目录中的每个文件并应用MergeSamFiles

1 个答案: