R等绘制散点图和热图并排绘制

Question

我正在尝试创建一个并排显示散点图和热图的图像。我使用geom_point创建散点图，使用heatmap创建热图。然后我使用grid.draw将它们放在相同的图像中但是我无法将图像放大到相同的大小。我怎样才能确保它们的高度相同（这很重要，因为它们以相同的方式排序并相互匹配）？

我的代码是：

    grab_grob <- function(){
       grid.echo()
       grid.grab()
  }
  g1 <- ggplot(x, aes(x=VIPscore, y=reorder(metabolite, VIPscore))) + geom_point(colour="blue") + labs(y="", x="VIP score")
  heatmap.2(xhm, cexRow=0.5, cexCol=1, Colv=FALSE, Rowv = FALSE, keep.dendro = FALSE, trace="none", key=FALSE, lwid = c(0.5, 0.5), col=heat.colors(ncol(xhm)))  
  g2 <- grab_grob()
  grid.newpage()
  lay <- grid.layout(nrow = 1, ncol=2)
  pushViewport(viewport(layout = lay))
  print(g1,vp=viewport(layout.pos.row = 1, layout.pos.col = 1))
  grid.draw(editGrob(g2, vp=viewport(layout.pos.row = 1, layout.pos.col = 2, clip=TRUE)))
  upViewport(1)

我还尝试了geom_tile（而不是heatmap.2），然后是grid.arrange;虽然现在尺寸颜色匹配的图像很糟糕 - 但它们在我的数据集中看起来很平。

Answer 1

名为plotly的软件包在这里可能会有所帮助。看看他们的API docs

library(plotly)

df <- data.frame(x = 1:1000,
                 y = rnorm(1000))

p1 <- plot_ly(df, x = x, y = y, mode = "markers") 
p2 <- plot_ly(z = volcano, type = "heatmap")%>% layout(title = "Scatterplot and Heatmap Subplot")

subplot(p1, p2)

Answer 2

插入式解决方案可能是使用“ComplexHeatmap”包。

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ComplexHeatmap/inst/doc/s4.heatmap_annotation.html