Question

我正在尝试为平板随机化创建一个简单的应用程序。它需要一些参数作为用户的输入（如主题数量，访问次数，重复次数）。

在server.R中我需要一个循环来创建具有随机主题ID号的板。稍后我需要使用列表的元素进行其他计算和绘图。我无法在Shiny中使用此功能。否则效果很好。从plate.w.subjects＆lt; - list（）

开始，代码不起作用

这是server.R代码：

n.subjects    <- reactive({ as.numeric(input$n.subjects) })
n.visits      <- reactive({ as.numeric(input$n.visits) })     
n.replicates  <- reactive({ as.numeric(input$n.replicates) }) 
n.buffers     <- reactive({ as.numeric(input$n.buffers) })    
n.ipc         <- reactive({ as.numeric(input$n.ipc) })
n.plates      <- reactive({    ceiling((n.subjects()*n.visits()*n.replicates())/(n.wells-sum(n.buffers(),n.ipc()))) })

subject.ids   <- reactive({ seq(1, n.subjects()) })
## other calculations here 

plates.w.subjects <- list()
plates.data <- reactive({

for(i in 1:n.plates()) {
local({
  if (i == 1) {
    used.samples <- NA
    left.samples <- subject.ids()
  } else {
    used.samples <- melt(plates.w.subjects)[,1]
    left.samples <- setdiff(subject.ids(), used.samples)
  }

  if(length(left.samples) > max.subjects.plate()) {
    c <- sample(left.samples, max.subjects.plate(), replace=FALSE, prob=NULL)
  } else {
    c <- sample(left.samples, length(left.samples), replace=FALSE, prob=NULL)
  }

  name <- paste0('Plate.', i)
  tmp <- list(subj.ids = c)
  plates.w.subjects[[name]] <- tmp

  #rm(tmp,name,c,used.samples,left.samples)
})
 }
})

output$result <- renderPrint({
  plates.data()$plates.w.subjects[[1]]
 })

理想情况下，结果应为：

$Plate.1
$Plate.1$subj.ids
[1] 23 16 13 20 24 10 19 25 3 21 4 12 9
$Plate.2
$Plate.2$subj.ids
[1] 14 22 8 18 2 17 6 11 1 15 5 7

我看到一些使用'本地'或'lapply'的解决方案，但我不能让任何一个工作.. 非常感谢任何帮助！谢谢！玛利亚

Answer 1

不确定这是否能完全解决问题，但我把它拆开试图找到你的错误。

plates.w.subjects <- list()
name <- paste0('Plate.', 1) # i = 1
tmp <- list(subj.ids = c(100, 200))
(plates.w.subjects[[name]] <- tmp)


name <- paste0('Plate.', 2) # i = 2
tmp <- list(subj.ids = c(2000, 3000))
(plates.w.subjects[[name]] <- tmp)

您可能不想使用plates.data()$plates.w.subjects[[1]]，而是尝试使用plates.w.subjects。

plates.w.subjects
  # $Plate.1
  # $Plate.1$subj.ids
  # [1] 100 200

  # $Plate.2
  # $Plate.2$subj.ids
  # [1] 2000 3000

plates.w.subjects[[1]]
  # $subj.ids
  # [1] 100 200

！注意：另外，最好避免c = ...，因为它可能会与c(100,200)组合冲突。

Answer 2

我不得不将代码分解成更多部分以使其完成我需要的工作。如果i == 1进入一个单独的块，我最终分开了。这是有效的。不确定编程方面的效率如何..

plates.w.subjects.1 <- reactive({
sample(subject.ids(), max.subjects.plate(), replace=FALSE, prob=NULL) 
})


plates.w.subjects <- reactive({

plates.data <- list()
plates.data$Plate.1 <- list(subj.ids = plates.w.subjects.1())

   for(i in 2:n.plates()) {

     used.samples <- melt(plates.data)[,1]
     left.samples <- setdiff(subject.ids(), used.samples)

     if(length(left.samples) > max.subjects.plate()) {
       z <- sample(left.samples, max.subjects.plate(), replace=FALSE, prob=NULL)
       } else {
       z <- sample(left.samples, length(left.samples), replace=FALSE, prob=NULL)
      }

     tmp <- list(subj.ids = z)
     plates.data[[paste0('Plate.', i)]] <- tmp
   } 
  plates.data
})


output$result <- renderPrint({
plates.w.subjects()

}）

R Shiny：用于循环创建具有反应（{}）功能的列表

2 个答案: