Question

昨晚我将电脑升级到Ubuntu 16.04。今天我不能在Jupyter中创建R笔记本。以前我可以在Jupyter的R工作。

我修复的第一个错误是R的zmq库出现了某种问题。内核一直在停止：

[I 14:41:28.584 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rzmq/libs/rzmq.so':
  libzmq.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

我下载并安装了rzmq，这个问题就消失了。

现在我看到了这个错误：

[I 14:55:40.860 NotebookApp] Kernel started: 98fbc635-6ba4-4e99-88aa-85e49c6e8e8b
*** stack smashing detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated
[I 14:55:43.860 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
[W 14:55:50.897 NotebookApp] Timeout waiting for kernel_info reply from 98fbc635-6ba4-4e99-88aa-85e49c6e8e8b
*** stack smashing detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated

R可执行文件中是否存在某种损坏？我尝试重新安装R：

sudo apt-get install --reinstall r-base r-base-dev

虽然没有改变一件事。

当我从命令行运行R时它工作正常，但后来我注意到了：

jim@main:~/Projects/learning/introduction_to_statistical_learning$ which R
/usr/bin/R

这与可执行的jupyter使用的路径不同。

请注意，jupyter正在运行我的anaconda安装，而且我是R的新手。

如何让它再次发挥作用？

编辑：

我发现了这个：

https://github.com/conda/conda-recipes/issues/558

这表明conda和gcc存在一些已知问题。目前尚不清楚如何解决这个问题。

Answer 1

我只是通过创建一个Anaconda R环境并将Jupyter R内核指向Anaconda的可执行文件来实现它。这是一个全面的工作，但比以前更清洁，因为我宁愿使用Anaconda环境。

https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r

Ubuntu升级后在R应用程序中检测到堆栈粉碎

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