Question

我正在尝试编写一个脚本，该脚本应该如下所示，但不知怎的，我无法通过写入方式来放置语法。

我有像S_12_O_319_K4me1这样的文件夹。

虽然每个文件夹中的内容为S_12_O_319_K4me1_S12816.sorted.bam。

所以我想写一个脚本，我的脚本在循环中进入我的同名文件夹，然后识别*.bam文件并执行操作，但我无法放置正则表达式。这就是我试过的：

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash

spp_run=/path/phantompeakqualtools/run_spp.R
bam_loc=/path/ChIP-Seq/output

samples="S_12_O_319_K27me3
S_12_O_319_K4me1
S_12_O_319_K4me3
S_12_O_319_K27ac"

for s in $samples; do

    echo "Running SPP on $s ..."
    Rscript $spp_run -c=$bam_loc/$s/${s}_S[[0-9]+\.sorted.bam -savp -out=$bam_loc/$s/${s}".run_spp.out"
done

我无法识别上述正则表达式匹配的数字。

我在哪里弄错了？

编辑：我尝试下面仍然没有用，在Rscript中解析的问题，但为什么这将是一个问题

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash

spp_run=/path/tools/phantompeakqualtools/run_spp.R
bam_loc=/path/ChIP-Seq/output

samples="S_12_O_319_K27me3
S_12_O_319_K4me1
S_12_O_319_K4me3"

for s in $samples; do
    echo "Running SPP on $s ..."
    echo $bam_loc/$s/${s}_S*.sorted.bam
    inbam=$bam_loc/$s/${s}_S*.sorted.bam
    echo $inbam
    Rscript $spp_run -c=$inbam -savp -out=$bam_loc/$s/${s}".run_spp.out"
done
echo "done"

错误

Error in parse.arguments(args) :
  ChIP File:/path/ChIP-Seq/output/S_12_O_319_K27me3/S_12_O_319_K27me3_S*.sorted.bam does not exist
Execution halted

即使$inbam值为/path/ChIP-Seq/output/S_12_O_319_K27me3/S_12_O_319_K27me3_S12815.sorted.bam

，也无法识别该文件

Answer 1

您可以在find命令中使用正则表达式：

export spp_run=/path/phantompeakqualtools/run_spp.R
export bam_loc=/path/ChIP-Seq/output
export dir

samples=(S_12_O_319_K27me3 S_12_O_319_K4me1 S_12_O_319_K4me3 S_12_O_319_K27ac)

for dir in ${samples[@]}; do
  find . -type f -regex ".*/*${dir}_S[0-9]+\.sorted\.bam" \
    -exec bash -c 'echo Rscript $spp_run -c=$bam_loc/${dir}/${1##*/} -savp -out=$bam_loc/${dir}/${dir}".run_spp.out"' _ {} \;
done

注意：如果输出符合您的需求，只需删除echo之前的Rscript。

Answer 2

我找到了我的查询答案，下面是代码。不是优雅的，但它的工作原理。我意识到Rscript需要全名和完整路径所以我只是将echo命令的输出初始化为变量并将其作为输入文件参数传递给Rscript，它获得一个完整的文件名，所以现在它识别输入文件

不是一种优雅的方式，但它仍适用于我。

TRMSim_WSN

感谢大家的建议和意见。我的代码不优雅，但它正在工作，所以我把答案放在这里。

如何匹配以下模式的正则表达式？

2 个答案: