我使用的是Python 3.5.1和pip 7.1.2：
pysam>=0.9.0
在我的requirements.txt中，我写道：
pip3然后我使用pip3 install -U -r requirements.txt
来安装这个requirements.txt文件，如下所示：
pysam此cython有自己的依赖关系：pip3 install -U -r requirements.txt，可在以下位置查看：https://github.com/pysam-developers/pysam/blob/master/requirements.txt
但是，使用pysam似乎不会递归地安装ValueError: no cython installed的依赖项，它会抛出requirements.txt的预期。
有没有人知道为什么{{1}}没有安装递归？
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pysam setup.py脚本似乎使用requires而不是典型的install_requires;后者生成pip需要的元数据以确定其要求。事实上，pysam似乎需要cython来构建自己，所以更恰当的是，它应该使用setup_requires。如果没有安装cython，可以检查安装pysam是否正常运行。
（编辑：不工作） 无论如何，你可以通过在你的需求文件中放置pysam之前的cython来解决这个问题。这样，pip会在它移动到pysam之前尝试安装cython：
cython>=0.22
pysam>=0.9.0
修改：要清楚，这与pip -r requirements.txt本身无关。这是因为pip没有从pysam接收到足够的元数据，因此在尝试安装pysam之前需要先安装cython。
第二次修改：你是对的。安装仍然失败，因为pip在进入构建阶段之前尝试从pysam安装脚本获取元数据，并且如果未安装cython，则pysam安装脚本会抛出该错误。在这个特定的情况下，我不确定除了事先在单独的命令中安装Cython之外还有一个解决方案。