Question

我无法让R识别出R的gmatrix，通过Rstudio运行。我的详细信息如下。

完成并完成的事情：
- 安装openSuse Tumbleweed x86_64
- 安装NVIDIA显卡驱动程序361.42
- 安装CUDA 7.5＆amp; / usr / local / cuda的符号链接
  - 设置LD_LIBRARY_PATH＆amp; PATH
- R 3.2.5
- RStudio 0.98.501-1.62
- 修补/usr/local/cuda/include/host_config.h，第115行：将＆＃34; 4＆＃34;＆＃34;＆＃34;＆＃34; 5＆＃34;＆＃39; （这与gcc编译器有关）
- 安装包gputools
- 〜部分安装包gmatrix

*我必须编辑host_config.h文件，因为Tumbleweed附带的gcc编译器不支持cuda。我基本上打破了检查版本的评估，并将其设置为5.9而不是4.9。这是一件非常幼稚的事吗？

未完成的事情，需要帮助：

- 我无法正确安装gmatrix。我通过手动添加LD＆amp; amp来安装R使用Sys.setenv（）

的PATH目录

> Sys.setenv("LD_LIBRARY_PATH"="/usr/lib64/R/lib:/lib:/usr/local/lib64:/usr/local/cuda/lib64")

> Sys.setenv("PATH"="/home/eamergent/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/games:/usr/local/cuda/bin")

但是，我无法加载gmatrix包，但gputools工作正常：

> library(gputools) "no issues"

> library(gmatrix)

> Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/eamergent/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.2/gmatrix/libs/gmatrix.so':libcudart.so.7.5: cannot open shared object file: No such file or directory Error: package or namespace load failed for ‘gmatrix’

*错误使得libcudart.so.7.5似乎应该受到指责然而， /usr/local/cuda/lib64/libcudart.so.7.5确实存在：

> eamergent@linux-pnx7: ls /usr/local/cuda/lib64/libcuda

libcudadevrt.a       libcudart.so         libcudart.so.7.5     libcudart.so.7.5.18  libcudart_static.a

*我使用tab来获得更短的列表。 lib64还有更多内容

有关如何让R识别已安装的gmatrix包的任何想法？或者如何在不使用我上面使用的R环境路径修复的情况下正确地重新安装？

Answer 1

我在Ubuntu 14.04上遇到了同样的问题，其中系统和R（Sys.setenv（））共享库路径设置正确，但是R无法加载CUDA共享库。有用的是使用ldconfig设置CUDA共享库路径。

使用sudo作为root或前缀命令：

# echo "/usr/local/cuda/lib64/libcuda" > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf
# ldconfig

然后

# R
> install.packages("gmatrix")

或者已经安装了gmatrix

# R
> library(gmatrix)
> gtest()

让R中的gputools和gmatrix在Linux上顺利运行

1 个答案: