如果您在Windows Azure上有网站/网络应用程序，那么您可以将X.509证书上传到网站的Personal证书存储区，以便允许客户端自己使用客户端证书在连接到外部Web服务时进行身份验证。
但是，您似乎无法上传自己的证书颁发机构根或中间证书，以便您的Azure Web应用程序可以自动验证其自身连接的外部Web服务的服务器证书 - 至少在那里＆＃ 39;没有管理GUI。是否有针对此的Azure PowerShell命令？
是否可以运行将证书二进制文件添加到StoreName.CertificateAuthority（StoreLocation.CurrentUser）商店的.NET代码？
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如果我理解正确，我认为您正在尝试在网络应用级别处理此问题，并且无法查看root或intermediate商店。我认为在天蓝色水平上处理这个问题会更加干净。
参考此article
您直接上传到云服务的证书将可供您的webapp / workroles使用。您应该能够将根证书和中间证书上传到云服务，并按照步骤2中的说明声明您的应用中的谁是root / intermediate。
希望这可以涵盖您的使用情况。