Question

我有一个用R编写的脚本并测试它运行良好。代码如下：

setwd("C:/Users/xxx/Desktop/xxx")
rawdata <- read.delim("xxx.txt", check.names = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)
library(edgeR)
y <- DGEList(counts = rawdata[,7:14], genes = rawdata[,1:6])
o <- order(rowSums(y$counts),decreasing=TRUE)
y <- y[o,]
d <- duplicated(y$genes)
y <- y[!d,]
y$samples$lib.size <-colSums(y$counts)
rownames(y$counts) <- rownames(y$genes)
y$genes <-NULL
y <- calcNormFactors(y)
write.table(y$samples, file = "TMM_normalization_factors.txt")

只需在R中运行它就可以了。但是，当从命令行（windows cmd）或matlab调用时，它会显示以下错误：

Error in is.data.frame(x) : could not find function "getGeneric" 
Calls: order -> rowSums -> is.data.frame 
Execution halted

我是一名新程序员，对编程知识非常有限。有人可以告诉我这段代码可能有什么问题吗？非常感谢。

更新：刚刚测试过，错误就在

上

rowSums

命令。 Rscript似乎没有认识到这个命令？有什么建议吗？

Answer 1

正如上面评论中提到的flodel一样，直接从R运行而不是与Rscript一起运行时代码起作用的原因是因为Rscript过去不加载方法包。因此，解决方案是将方法包加载到脚本顶部：

load(methods)

但是，从R 3.5.0（于2018-04-23发布）开始，现在默认情况下已加载method软件包。来自R NEWS：

如果未使用--default-packages，则Rscript现在检查环境变量R_SCRIPT_DEFAULT_PACKAGES。如果已设置，则它优先于R_DEFAULT_PACKAGES。如果未在命令行上或这些环境变量之一中未指定默认软件包，则Rscript现在使用与R相同的默认软件包。现在，可以通过将环境变量R_SCRIPT_LEGACY设置为yes来恢复以前不包括方法的行为。

从Windows中的命令/ matlab调用Rscript时出错

1 个答案: