Question

我在安装维也纳RNA包的python包装器时遇到了一些问题（找到here）。我之前已经能够通过将已编译的python脚本移动到我的pythonpath中来安装这个程序的python实现（无论我做什么，程序似乎都不想这样做）。但是，这次我似乎无法让python实现。

以前，我必须使用以下命令进行配置：

./configure --disable-openmp \
            --disable-dependency-tracking \
            CFLAGS="-arch i386 -arch x86_64 -O2" \
            CXXFLAGS="-arch i386 -arch x86_64 -O2"\
            --prefix=/usr/local\
            --with-python

但即使这样，配置后的消息也会显示：

##############################################
# Files will be installed in the following  ##
# directories:                              ##
##############################################

  Executables:        /usr/local/bin
  Libraries:          /usr/local/lib
  Header files:       /usr/local/include
  Extra Data:         /usr/local/share
  Man pages:          /usr/local/share/man
  Documentation:      /usr/local/share/doc/ViennaRNA
    (HTML):           /usr/local/share/doc/ViennaRNA/html
    (PDF):            /usr/local/share/doc/ViennaRNA
  Perl5 Interface:    
    (binaries):       /usr/local/Library/Perl/5.18/darwin-thread-multi-2level
    (scripts):        /usr/local/Library/Perl/5.18
  Python2 Interface:  Not to be installed
    (binaries):       
    (scripts):        
  Python3 Interface:  Not to be installed
    (binaries):       
    (scripts):

我继续前进make和make install。程序已安装（例如，我可以在RNAfold中输入终端窗口时启动它），但我似乎无法在任何地方找到python实现。制作完成后，＆＃34;接口＆＃34;中有一些文件。名为 RNA.py 和 RNA_wrap.cpp 的文件夹（使用SWIG生成）。但是，即使我在该文件夹中启动python shell并输入import RNA

，我似乎无法运行它们。

抱歉，我无法使用。如果您需要有关此特定情况的更多信息，请与我们联系。我正在运行2011年末的macbook pro和OSX el-capitan。

谢谢！

Answer 1

我刚刚看到这篇文章。您可能想出来了，但您需要做的是指定运行/.configure时要安装的python版本。例如，在我的例子中，/。configure--with-python3

Answer 2

我不知道你是否解决了这个问题，但我想出来了。

打开.gz文件夹，打开终端，然后将工作目录设置为Vienna-2.3.1软件包的根目录后，您应该运行：

./configure --enable-macosx-installer
make
sudo make install

然后运行命令“make check”以查看您运行的任何编译是否失败。

然后，我为了让RNA模块运行而做的是我首先进入我的Python IDE，将我的工作目录更改为interfaces文件夹中的Python文件夹，然后打开一个示例Python脚本（来自示例文件夹）。然后，我运行了示例脚本，我的RNA模块刚刚开始工作。

请告诉我，不管你是怎么做的。

修改：http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/#self_packages

如果向下滚动到提供的链接，它有一个已经编译的Mac OS X二进制包。所以这也可能会有所帮助。

维也纳RNA折叠python安装问题

2 个答案: