如何在两个列表中的每对值上循环命令

时间:2016-04-28 21:26:44

标签: bash loops command-line

我有一个包含两列(x1和x2)的表,每个列的值都是这样的:

Mytable
x1      x2
rs345  rs459
rs298  rs112
rs665  rs555 
.       .
.       .
.       .
n       n

我想在Mytable中并排计算每对的r2(皮尔森相关性),假设使用Plink(命令行遗传程序)对rs345和rs459。通常你必须手动输入每一对:

plink --bifile genetic.data --r2 rs345 rs459 --out first_pair

但是我希望能够轻松地将命令循环到所有对上并节省时间。我会感激任何评论!

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