我有一个包含两列(x1和x2)的表,每个列的值都是这样的:
Mytable
x1 x2
rs345 rs459
rs298 rs112
rs665 rs555
. .
. .
. .
n n
我想在Mytable中并排计算每对的r2(皮尔森相关性),假设使用Plink(命令行遗传程序)对rs345和rs459。通常你必须手动输入每一对:
plink --bifile genetic.data --r2 rs345 rs459 --out first_pair
但是我希望能够轻松地将命令循环到所有对上并节省时间。我会感激任何评论!