Question

我有一个没有连接到互联网的Debian虚拟机。然而，我仍然可以从我的本地机器scp任何文件，它有互联网连接。为了提供一点上下文，我试图在VM上托管一个闪亮的应用程序。

我仍然可以使用＆＃34; apt-get＆＃34;安装旧版本的R 3.1.1。命令：

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

然而，仍然无法找到＆＃34;闪亮的＆＃34;检查列表时包：

sudo apt-cache search "^r-.*" | sort

所以，我在想是否可以直接点击＆＃34; shiny.tar.gz＆＃34;到VM并在本地安装包？我如何离线安装任何R软件包？

我尝过类似的事情：

install.packages('/home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz', repos = NULL, type = "source")

然而，它没有通过和错误消息如下：

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in type == "both" : 
comparison (1) is possible only for atomic and list types
Calls: install.packages
Execution halted

然后，我尝试了另一个＆＃34; R CMD＆＃34;：

R CMD INSTALL /home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz

我收到错误消息，告诉我缺少依赖项：

* installing to library ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’
ERROR: dependencies ‘httpuv’, ‘mime’, ‘jsonlite’, ‘xtable’, ‘digest’, ‘htmltools’, ‘R6’ are not available for package ‘shiny’
* removing ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/shiny’

如何从源代码成功安装闪亮包？我应该先安装依赖项的所有依赖项和依赖项吗？

Answer 1

Shiny有一些包依赖性，＆＃34; R CMD INSTALL＆＃34;无法找到它们，所以你需要手动获取它们。根据闪亮的描述，它的依赖关系是：＆＃39; Rcpp'，'httpuv'，'mime'，'jsonlite'，'xtable'，'digest'，'htmltools'，'R6'。首先，从cran获取软件包（下面是当前版本，但它们确实会随着时间的推移而改变。请注意下面是连接到互联网的计算机，在继续之前，您需要将这些软件scp到离线计算机）：< / p>

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.12.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/httpuv_1.3.3.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/mime_0.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/jsonlite_0.9.19.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/digest_0.6.9.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/htmltools_0.3.5.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/R6_2.1.2.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/shiny_0.13.2.tar.gz

然后使用R CMD INSTALL以相同的顺序浏览它们。例如：

R CMD INSTALL Rcpp_0.12.4.tar.gz

一旦所有依赖项都存在，R CMD INSTALL应该让你安装闪亮。

Answer 2

要在Debian上安装某些脱机包，您可以使用apt-offline：

apt-offline可以完全更新和升级基于APT的发行版而无需连接到网络，所有这些都对APT透明。

apt-offline可用于在计算机上生成签名（没有网络）。此签名包含APT数据库系统所需的所有下载信息。此签名文件可以在连接到Internet的另一台计算机上使用（不一定是Debian盒，甚至可以运行Windows）来下载更新。下载的数据将包含APT理解的格式的所有更新，apt-offline可以使用此数据来更新非联网机器。

在脱机操作系统（Debian）上安装apt-offline，然后输入以下命令（导入缺失的密钥）：

sudo apt-key exportall | sudo gpg --no-default-keyring --import --keyring /etc/apt/trusted.gpg

然后你需要获得your_package_name的签名：

apt-offline set debian-install.sig --install-packages your_package_name

下一步，将debian-install.sig上传到在线系统并下载所需文件。

apt-offline get debian-install.sig --bundle debian-install.zip

将debian-install.zip文件上传到离线系统，使用apt-offline实用程序安装它来更新APT数据库。

sudo apt-offline install debian-install.zip

安装指定的包your_package_name：

sudo apt-get install your_package_name

您可以使用Windows机器tuto

下载您的软件包

Answer 3

你是个腌菜。 R包机制希望您连接到获取依赖项。也就是说，你可以得到一些帮助：

R> AP <- available.packages(contrib.url(options("repos")$repos[1]))
R> revs <- tools::package_dependencies("shiny", AP, recursive=TRUE)[[1]]
R> revs
 [1] "methods"   "utils"     "httpuv"    "mime"     
 [5] "jsonlite"  "xtable"    "digest"    "htmltools"
 [9] "R6"        "Rcpp"      "tools"     "stats"    
R>

您现在可以再次查看AP并将其反馈到download.packages()。

此外，其中几个（全部？）都在较新的 Debian发行版中，因此您可以在下载模式中使用apt-get（可能使用apt-offline其他问题）。

最后，我们提供Docker container for shiny，因此如果您在虚拟机上使用它，则不需要任何其他内容。

Answer 4

sudo apt-get update

sudo apt-get install r-cran-digest

我不相信这很容易。我花了很长时间搜索并得到了错误的答案。这个命令只解决了一切。我在trisquel上使用它

如何在离线Debian机器上安装R软件包？

4 个答案: