Question

我在rosalind上做了一个问题，希望你返回一个子字符串出现在较长字符串中的位置。唯一的问题是重叠发生，输出应该是：1,3,9（假设0基于计数），但我只得到1和9？这是我的代码。

import re

s='GATATATGCATATACTT'
t='ATAT'

substrings=re.compile('ATAT')
matches=substrings.finditer(s)

for match in matches:
     print(match.start()+1)  #doesn't find overlapping ones

任何帮助将不胜感激，谢谢！

Answer 1

如果您可以安装第三方模块，regex模块具有re模块API的扩展版本，允许将overlapped=True参数传递给findall }和finditer。

https://pypi.python.org/pypi/regex

否则，您可以调整this answer。

Answer 2

你需要使用前瞻。

import re
s='GATATATGCATATACTT'
t='ATAT'
print([match.start() for match in re.finditer('(?=%s)' % t, s)])

输出：

[1, 3, 9]

Answer 3

10秒的搜索显示this。

你基本上必须用“（？=”和“）”包围你的RegEx。这是一个积极的前瞻，导致RegEx不会阻止字符串的一部分以供将来匹配。

请务必捕获第1组。

我希望我能提供帮助，

CodenameLambda

正则表达式：计算字符串中包含子串的次数，包括重叠的出现次数

3 个答案: