很难找到有关实施KRR的任何信息，因此任何次要的投入都将受到高度赞赏。
我想在我计算的一组内核上运行Kernel Ridge回归，但我不知道如何在R中执行此操作。我从CVST包中找到了constructKRRLearner函数，但手册并不清楚，特别是对我来说是机器学习的完全初学者。函数需要和x和y，但我不知道在那里输入什么，因为我只有一个数据框，其成对内核被计算为药物和蛋白质之间的kronecker产品。
如何在R中执行Kernel Ridge回归任务？
理想情况下，我还希望可视化我的数据点，然后在情节上说明回归线！例如：
http://scikit-learn.org/stable/_images/plot_kernel_ridge_regression_0011.png
关于我的数据集的更多信息
我有药物 - 目标相互作用（DTI）数据集。该数据集包含100种药物化合物（行）和100种蛋白激酶靶标（列）。此数据集中有一些NAN（缺失值）。此数据集中的值反映了化合物与目标的结合程度。
我有药物'SMILES和CHEMBL ID。
我有蛋白质（目标）序列和UNIPROT ID。
对于药物[100种药物]：我将药物SMILES转换为SDFset，然后使用OpenBabel计算每种药物的指纹。基于这些指纹，我计算了Tanimoto内核中药物之间所有可能的组合。 （使用“fpSim”功能），例如药物1与药物2,3,4，... 10.然后药物2与药物1,3,4 ... 100等，直到药物99与药物100.我命名为BASE_DRUG_KERNELS
对于蛋白质：我有蛋白质序列，因此我计算了所有蛋白质对组合的Smith-Waterman分数;例如蛋白质1含蛋白质2,3，... 100，然后蛋白质2含蛋白质1,3,4，... 100等等，直到蛋白质99含蛋白质100.我将此命名为BASE_PROTEIN_KERNELS
然后我计算了BASE_DRUG_KERNELS和BASE_PROTEIN_KERNELS之间的Kronecker，它给了我一个100,000,000个元素的矩阵。我将此矩阵命名为KRONECKER_PRODUCTS
我希望在矩阵KRONECKER_PRODUCTS上运行Kernel Ridge回归。
