Question

我有一个名为＆＃34; bowtie2＆＃34;我更改了终端中的默认路径：

$export PATH=/opt/NGS/bowtie2-2.2.8:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin
$bowtie2 --version
/opt/NGS/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s version 2.2.8

但是当我从R调用它时，它仍然是来自其他路径的旧版本：

> bowtie2="bowtie2"
> system2(bowtie2,"--version",stdout=TRUE)[1]
[1] "/usr/bin/bowtie2-align version 2.1.0"

我的问题是如何更改R中程序的默认路径（以便版本为＆＃34; /opt/NGS/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s版本2.2.8＆＃34;相反＆＃34; / usr / bin / bowtie2-align版本2.1.0＆＃34;）

Answer 1

您需要将export PATH=/opt/NGS/bowtie2-2.2.8:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin添加到主文件夹中.bashrc（linux）或.bash_profile（mac）文件的末尾。

vi ~/.bash_profile

然后在文件末尾添加export命令，否则它只适用于当前的shell会话。在R中使用system命令时，它会启动一个新的shell会话，export命令将不适用于该会话。