R不会加载已安装的软件包，引用了必须首先卸载其他软件包的错误（并且无法卸载它们）

Question

我深深不明白我在这里遇到的问题，可能没有发布足够的信息，请耐心等待我更新/回复评论......谢谢，

我最近尝试安装“metagenomeSeq”软件包（网址：http://www.cbcb.umd.edu/software/metagenomeSeq）。该软件包使用自己的安装例程，使用R脚本 biocLite 进行安装：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("metagenomeSeq")

安装显然是成功的：

> biocLite("metagenomeSeq")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.2 (BiocInstaller 1.20.1), R 3.2.5 (2016-04-14).
Installing package(s) ‘metagenomeSeq’
...
[snippped]
...
* installing *source* package ‘metagenomeSeq’ ...
** R
** data
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (metagenomeSeq)

但是，尝试加载包会产生以下结果：

> library("metagenomeSeq")
Loading required package: Biobase
Error in unloadNamespace(package) : 
  namespace ‘Biobase’ is imported by ‘DESeq2’, ‘genefilter’, ‘multtest’, ‘annotate’, ‘geneplotter’, ‘AnnotationDbi’ so cannot be unloaded
Error in library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc,  : 
  Package ‘Biobase’ version 2.26.0 cannot be unloaded

我正在使用R v3.2.5和Rstudio v099.491。操作系统：Ubuntu 14.04。包裹是：

library("scales")
library("ape")
library("ggplot2")
library("RColorBrewer")
library("igraph")
library("vegan")
library("gridExtra")
library("cowplot")
library("RAM")
library("plyr")
library("stringr")
library("gridExtra")
library("ggdendro")
library("reshape2")
library("xtable")
library("knitr")
library("phyloseq")
library("indicspecies")

编辑1：

当我打开R studio的新实例而不首先加载任何其他包时，包加载。 R的包依赖项是否可能与需要卸载依赖项的其他包发生冲突？我以前从未见过这个。

编辑2：我正在使用的包含的包。

Answer 1

懒惰修复：删除库＆＃34;重塑＆＃34;和＆＃34; RAM＆＃34; （ RAM 依赖于重塑）缓解了我的问题。