Question

我在hdf5数据文件中有一个5维矩阵。我想用paraview绘制这些数据。我想到的解决方案是通过Xdmf格式描述数据。

5维矩阵的结构如下：

matrix[time][type][x][y][z]

＆＃39;时间＆＃39; index指定时间步长。＆＃39;类型＆＃39;选择不同粒子类型的矩阵。并且x，y，z描述网格的空间坐标。矩阵的值是我想绘制的标量。

我的问题是：如何使用xdmf格式为给定的时间步长选择特定的3维矩阵并键入要绘制的图？理想情况下，时间步长可以由Xdmf的<time>功能表示。

我尝试过＃hyperslab＆＃39; xdmf的功能，但似乎没有减小尺寸，我需要绘制网格。

我还看了一下＆＃39; SubSet＆＃39;功能，但我不明白如何使用它，阅读xdmf上的官方文档。

Answer 1

在Xdmf邮件列表的帮助下，我找到了一个适合我的解决方案。

我的输入矩阵在hdf5文件中是5-dim（1,2,12,6,6）＆＃34; ana.h5＆＃34;然后我选择时间步长0并输入1。

<?xml version="1.0" ?>
<!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []>
<Xdmf xmlns:xi="http://www.w3.org/2003/XInclude" Version="2.2">

 <Domain>
  <Topology name="topo" TopologyType="3DCoRectMesh" Dimensions="12 6 6"></Topology>
  <Geometry name="geo" Type="ORIGIN_DXDYDZ">
   <!-- ORigin -->
   <DataItem Format="XML" Dimensions="3">
    0.0 0.0 0.0
   </DataItem>
   <!-- DxDyDz -->
   <DataItem Format="XML" Dimensions="3">
    1 1 1
   </DataItem>
  </Geometry>

  <Grid Name="TimeStep_0" GridType="Uniform">
   <Topology Reference="/Xdmf/Domain/Topology[1]"/>
   <Geometry Reference="/Xdmf/Domain/Geometry[1]"/>
   <Time Value="64"/>

   <Attribute Type="Scalar" Center="Cell" Name="Type1">
    <!-- Result will be 3 dimensions -->
    <DataItem ItemType="HyperSlab" Dimensions="12 6 6 ">
    <!-- The source is 5 dimensions -->
    <!-- Origin=0,1,0,0,0  Stride=1,1,1,1,1 Count=1,1,12,6,6 -->
    <DataItem Dimensions="3 5" Format="XML">
     0 1 0 0 0
     1 1 1 1 1
     1 1 12 6 6
    </DataItem> 
    <DataItem Format="HDF" NumberType="UInt" Precision="2" Dimensions="1 2 12 6 6 ">
     ana.h5:/density_field
    </DataItem>
   </DataItem>
  </Attribute>
</Grid>
</Domain>
</Xdmf>

得到的矩阵是三维的（12,6,6）并且可以用paraview绘制。

用Xdmf

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