Question

见下面一行：

1   164184236   DEL00004514;DEL00004533 N   <DEL>   .   PASS    .   GT:GL:GQ:FT:RCL:RC:RCR:CN:DR:DV:RR:RV   .   .   .   .   0/1:-11.985,0,-35.4847:120:PASS:20:18:19:1:0:0:12:6 .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   0/1:-6.1941,0,-9.19766:62:PASS:4:3:2:1:0:0:3:3  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   0/1:-9.19536,0,-11.6939:92:PASS:4:5:7:1:0:0:4:4 .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .

我的目的是：对于所有专栏，如果它是.，那么我想改为0/0，那我该怎么做呢？我正在考虑在awk中引入sed，例如：awk ‘{if($n= ".") sed 's/\./0\/0/g'}' 究竟应该怎么做

Answer 1

sed用于单个行上的简单替换，即全部。考虑到你的评论中没有要求改变第6个字段，所以这个工作要多一点，所以工作的正确工具是awk：

$ awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} {for (i=1;i<=NF;i++) if (($i==".") && (i!=6)) $i="0/0"} 1' file
1       164184236       DEL00004514;DEL00004533 N       <DEL>   .       PASS    0/0     GT:GL:GQ:FT:RCL:RC:RCR:CN:DR:DV:RR:RV   0/0   0/0      0/0     0/0     0/1:-11.985,0,-35.4847:120:PASS:20:18:19:1:0:0:12:6     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0   0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1:-6.1941,0,-9.19766:62:PASS:4:3:2:1:0:0:3:3  0/0     0/0     0/0     0/0     0/0   0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1:-9.19536,0,-11.6939:92:PASS:4:5:7:1:0:0:4:4 0/0     0/0   0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0

Answer 2

这是我要使用的awk命令：
awk '{for(i = 1; i <= NF; i++) {if ($(i) == ".") {$(i)="0/0"}} print $0}'

测试：

echo "1   164184236   DEL00004514;DEL00004533 N   <DEL>   .   PASS    .   GT:GL:GQ:FT:RCL:RC:RCR:CN:DR:DV:RR:RV   .   .   .   .   0/1:-11.985,0,-35.4847:120:PASS:20:18:19:1:0:0:12:6 .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   0/1:-6.1941,0,-9.19766:62:PASS:4:3:2:1:0:0:3:3  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   0/1:-9.19536,0,-11.6939:92:PASS:4:5:7:1:0:0:4:4 .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   ." | awk '{for(i = 1; i <= NF; i++) {if ($(i) == ".") {$(i)="0/0"}} print $0}'

给予：

1 164184236 DEL00004514;DEL00004533 N <DEL> 0/0 PASS 0/0 GT:GL:GQ:FT:RCL:RC:RCR:CN:DR:DV:RR:RV 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1:-11.985,0,-35.4847:120:PASS:20:18:19:1:0:0:12:6 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1:-6.1941,0,-9.19766:62:PASS:4:3:2:1:0:0:3:3 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1:-9.19536,0,-11.6939:92:PASS:4:5:7:1:0:0:4:4 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0

Answer 3

使用sed，对于三个空格的列分隔符：

sed 's/\( \{3\}\)\./\10\/0/g' file

如果制表符分隔：

sed 's/\t\./\t0\/0/g' file

输出：

1   164184236   DEL00004514;DEL00004533 N   <DEL>   0/0   PASS    0/0   GT:GL:GQ:FT:RCL:RC:RCR:CN:DR:DV:RR:RV   0/0   0/0   0/0   0/0   0/1:-11.985,0,-35.4847:120:PASS:20:18:19:1:0:0:12:6 .   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/1:-6.1941,0,-9.19766:62:PASS:4:3:2:1:0:0:3:3  .   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/1:-9.19536,0,-11.6939:92:PASS:4:5:7:1:0:0:4:4 .   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0   0/0

更新：

    sed 's/\t\./\t0\/0/2g' file

从找到的第二个.开始替换，假设前五列没有点值。

在awk中使用sed

3 个答案: