Question

我已经阅读了很多关于使用ggplot循环生成大量图表的帖子，但找不到任何可以解释我问题的帖子......

我有一个数据框，我试图循环超过92列，为每列创建一个新图。我想将每个绘图保存为单独的对象。当我运行我的循环（下面的代码）并打印图表时，所有图表都是正确的。但是，当我使用assign（）更改print（）命令时，图形不正确。标题正在按原样改变，但是图形值都是相同的（它们是最终图形的所有值）。我发现了这一点，因为当我使用plot_grid（）生成10个图的数字时，图标题和轴标签都是正确的，但值是相同的！

我的数据集很大，所以我提供了一个小数据集，如下图所示。

示例数据名称：

library(ggplot)
library(cowplot)
df <- as.data.frame(cbind(group=c(rep("A", 4), rep("B", 4)), a=sample(1:100, 8), b=sample(100:200, 8), c=sample(300:400, 8))) #make data frame
cols <- 2:4 #define columns for plots
for(i in 1:length(cols)){
  df[,cols[i]] <- as.numeric(as.character(df[,cols[i]]))
} #convert columns to numeric

图：

for (i in 1:length(cols)){
  g <- ggplot(df, aes(x=group, y=df[,cols[i]])) +
    geom_boxplot() +
    ggtitle(colnames(df)[cols[i]])
  print(g)
  assign(colnames(df)[cols[i]], g) #generate an object for each plot
}

plot_grid(a, b, c)

我在想，当ggplots制作情节时，它只会从i的最终值渲染数据？还是那样的？有办法解决这个问题吗？

我希望这样做，因为我想制作很多图表，然后我想混合和匹配数字图。

谢谢！

Answer 1

我已经清理了您生成示例数据框的方式。

library(ggplot2)
library(cowplot)

df <- data.frame(group=c(rep("A", 4), rep("B", 4)),
                          a=sample(1:100, 8),
                          b=sample(100:200, 8),
                          c=sample(300:400, 8)) #make data frame

只需使用data.frame（）即可。这使您的代码更加清晰，并且无需在“for循环”中进行所有后处理，即将数据帧转换为数字并删除生成的因子 - 请注意as.data.frame（）和cbind（）倾向于默认如果您没有'stringsAsFactors = FALSE'，并且可以通过使用cbind.data.frame（）而不是cbind（）来避免数字到字符的转换。

我还重构了你的'for loop'来生成你的情节。您生成一个名为'cols'（cols＆lt; - 2：4）的整数列表，然后重复这些整数以从每列数据生成图。这是不必要的，我们可以在for语句条件中创建一个范围 - 'for（i in 2：ncol（df））' - 这只是重复2到4（数据帧中的列数） - 从2开始需要避免包含元数据的第1列。这是优选的，因为：

i）在查看代码时，所使用的条件立即显而易见，而无需搜索其余代码

ii）R有许多类似于变量'cols'命名的函数/参数，最好避免混淆。

清理代码后，我们现在可以尝试查找错误的原因：

library(ggplot2)
library(cowplot)

df <- data.frame(group=c(rep("A", 4), rep("B", 4)),
                          a=sample(1:100, 8),
                          b=sample(100:200, 8),
                          c=sample(300:400, 8)) #make data frame


for (i in 2:ncol(df)){

  g <- ggplot(df, aes(x=group, y=df[,i])) +
    geom_boxplot() +
    ggtitle(colnames(df)[i])

  print(g)
  assign(colnames(df)[i], g) #generate an object for each plot
}

为什么你的代码不起作用并不是很明显。 Imo的建议有其价值。将您的绘图保存到列表可以防止您的环境被对象弄得乱七八糟，但是它无法解决这个错误。原因不直观，需要深入了解如何评估assign（）函数。请参阅here提供的答案Konrad Rudolph。以下应该可以工作并保留原始代码的样式。正如康拉德在他的回答中所暗示的那样，“R”可能更喜欢使用lapply。请注意，我们已经给出了 for loop 本地范围，现在我们在本地重新定义了i。以前，循环中生成的i的最后一个值用于生成通过assign（）函数创建的每个对象。注意使用＆lt;＆lt; - 将g分配给全局环境。

for (i in 2:ncol(df))  
     local({
  i <- i
  g <<- ggplot(df, aes(x=group, y=df[,i])) +
    geom_boxplot() +
    ggtitle(colnames(df)[i])
  print(i)
  print(g)
  assign(colnames(df)[i], g, pos =1) #generate an object for each plot
     })

plot_grid(a, b, c)

你欠我一杯酒。

Answer 2

有两种标准方法可以解决这个问题：

1-使用长格式data.frame

2-使用aes_string引用宽格式data.frame

中的变量名称

以下是可能策略的说明。

library(ggplot2)
library(gridExtra)

# data from other answer
df <- data.frame(group=c(rep("A", 4), rep("B", 4)),
                 a=sample(1:100, 8),
                 b=sample(100:200, 8),
                 c=sample(300:400, 8))

## first method: long format
m <- reshape2::melt(df, id = "group")
p <- ggplot(m, aes(x=group, y=value)) +
    geom_boxplot() 

pl <- plyr::dlply(m, "variable", function(.d) p %+% .d + ggtitle(unique(.d$variable)))
grid.arrange(grobs=pl)

## second method: keep wide format
one_plot <- function(col = "a")  ggplot(df, aes_string(x="group", y=col)) +  geom_boxplot() + ggtitle(col)
pl <- plyr::llply(colnames(df)[-1], one_plot)
grid.arrange(grobs=pl)

## third method: more explicit looping

pl <- vector("list", length = ncol(df)-1)
for(ii in seq_along(pl)){
  .col <- colnames(df)[-1][ii]
  .p <- ggplot(df, aes_string(x="group", y=.col)) +  geom_boxplot() + ggtitle(.col)
  pl[[ii]] <- .p
}

grid.arrange(grobs=pl)

有时，当在函数/ for循环中包装ggplot调用时，会遇到局部变量的问题（如果使用aes_string，则不是这里的情况）。在这种情况下，可以define a local environment。

请注意，使用像aes(y=df[,i])这样的构造可能会起作用，但会产生非常错误的结果。 Consider a facetted plot，data.frame将被拆分为每个面板的不同组，如果数值直接传递给aes()而不是变量名，则此子集可能会失败，无法将正确的数据分组。

带有ggplots的for循环生成具有相同值但标题不同的图形

2 个答案: