Question

我有一个csv文件如下所示，我想根据代表信息（第2和第3列）转换从第4列开始的字母（A或B）。但数字'0'将保持为'0'。

Name, A_Rep,B_Rep,id_1,id_1,id_2,id_2,...  # header line 
rs1,      G,    T,   A,   A,   A,   B,...
rs2,      A,    G,   0,   0,   A,   B,...

转换后，我可以看到......

Name, A_Rep,B_Rep,id_1,id_1,id_2,id_2,...   
 rs1,     G,    T,   G,   G,   G,   T,... 
 rs2,     A,    G,   0,   0,   A,   G,...

以下是完成的代码，但仍显示该消息 A_Rep = line[1] IndexError: list index out of range。

    import csv

    input = 'input.csv'

    with open('output.csv', 'w') as output:
        data = csv.reader(input, delimiter=',')
        for line in data:
            if line[0].startswith('Name'): # Retrieve the header line
                output.write("{}\n".format(','.join(line)))
            else:
                stuff = [] 
                Name = line[0]
                A_Rep = line[1]     ##IndexError: list index out of range
                B_Rep = line[2]     ##IndexError: list index out of range 
                for samplefield in line[3:]:
                    if samplefield == 'A':
                        stuff.append(A_Rep)
                    elif samplefield == 'B':
                        stuff.append(B_Rep)
                    elif samplefield == '0':
                        stuff.append('0')
                    else:
                        sys.exit('Check: {}'.format(','.join(line)))
                output.write("{},{},{},{}\n".format(Name, A_Rep, B_Rep, ','.join(stuff)))

有没有人知道如何解决它，甚至是实现同一目标的有效方法？

Answer 1

你没有正确使用文件处理程序，我将实现上面的逻辑：

with open("input.csv") as inputFile, open("output.csv", 'w') as outputFile:
    outCsv = csv.writer(outputFile, delimiter=',')
    inCsv = csv.reader(inputFile, delimiter=',')

    header = next(inCsv)
    outCsv.writerow(header)

    for line in inCsv:
        newLine = line[0:3]
        for value in line[3:]:
            value = value.strip()
            code = {
                'A': line[1],
                'B': line[2],
                '0': value
            }
            newLine.append(code[value])

        outCsv.writerow(newLine)

根据给定的信息转换信件？

1 个答案: