memmap

时间:2016-04-09 21:13:49

标签: python numpy numpy-memmap

我有一个时间戳数组,对于矩阵X的第二列中的每一行都会增加。我计算时间戳的平均值,它大于最大值。我使用numpy memmap进行存储。为什么会这样?

>>> self.X[:,1]
memmap([  1.45160858e+09,   1.45160858e+09,   1.45160858e+09, ...,
     1.45997146e+09,   1.45997683e+09,   1.45997939e+09], dtype=float32)
>>> np.mean(self.X[:,1])
1.4642646e+09
>>> np.max(self.X[:,1])
memmap(1459979392.0, dtype=float32)
>>> np.average(self.X[:,1])
1.4642646e+09
>>> self.X[:,1].shape
(873608,)
>>> np.sum(self.X[:,1])
memmap(1279193195216896.0, dtype=float32)
>>> np.sum(self.X[:,1]) / self.X[:,1].shape[0]
memmap(1464264515.9120522)

编辑: 我在这里上传了memmap文件。 http://www.filedropper.com/x_2这就是我加载它的方式。

filepath = ...
shape = (875422, 23)
X = np.memmap(filepath, dtype="float32", mode="r", shape=shape)

# I preprocess X by removing rows with all 0s
# note this step doesn't affect the problem
to_remove = np.where(np.all(X == 0, axis=1))[0]
X = np.delete(X, to_remove, axis=0)

1 个答案:

答案 0 :(得分:6)

这不是一个numpy或memmap问题。问题在于浮点,float32是准确的。您可以在其他语言(例如C ++)中看到同样的错误。

随着越来越多的数字被添加到使用的float32累加器变得不精确。

In [26]: a = np.ones((1024,1024), dtype=np.float32)*4567

In [27]: a.min()
Out[27]: 4567.0

In [28]: a.max()
Out[28]: 4567.0

In [29]: a.mean()
Out[29]: 4596.5264

这不会发生在np.float64类型中(给予更多喘息空间)。

In [30]: a = np.ones((1024,1024), dtype=np.float64)*4567

In [31]: a.min()
Out[31]: 4567.0

In [32]: a.mean()
Out[32]: 4567.0

您可以mean()通过明确指定float64来使用In [12]: a = np.ones((1024,1024), dtype=np.float32)*4567 In [13]: a.mean(dtype=np.float64) Out[13]: 4567.0 缓冲区。

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