保存已转换的.bdf文件

时间:2016-04-09 10:58:33

标签: matlab save eeglab european-data-format

我使用MATLAB R2011b和EEGLab 13.4.3b加载包含多个虚假触发器的Biosemi .bdf文件(EEG记录)。触发器的位置存储在header.BDF.Trigger.POS中,触发器类型位于header.BDF.Trigger.TYP

使用

加载 the file
header = sopen('05-AM-200-Deci.bdf','r',[1:40],'OVERFLOWDETECTION:OFF'); 

我对header.BDF.Trigger.POSheader.BDF.Trigger.TYP向量进行了转换并替换了它们。

注意:这些转换不应该有所不同,因为即使我只加载bdf文件然后尝试将其保存回来,我也会得到完全相同的错误。

以下是header的结构(使用get()提取):

header = 

    FileName: '05-AM-200-Deci.bdf'
        FILE: [1x1 struct]
        TYPE: 'BDF'
      ErrNum: [1025 0]
      ErrMsg: ''
     keycode: [1x34 double]
          NS: 41
  SampleRate: 1
          T0: [2015 7 6 17 41 44]
      Filter: [1x1 struct]
        FLAG: [1x1 struct]
       EVENT: [1x1 struct]
     VERSION: -1
     Patient: [1x1 struct]
         PID: '05-AM-200'
         RID: '05-AM-200'
     HeadLen: 10752
   reserved1: '24BIT                                       '
        NRec: 1207
         Dur: 1
          AS: [1x1 struct]
       Label: {41x1 cell}
  Transducer: {41x1 cell}
     PhysDim: {41x1 cell}
     PhysMin: [1x41 double]
     PhysMax: [1x41 double]
      DigMin: [1x41 double]
      DigMax: [1x41 double]
     PreFilt: [41x80 char]
      GDFTYP: [1x41 double]
         SPR: 1
   THRESHOLD: [41x2 double]
         Cal: [1x41 double]
         Off: [1x41 double]
       Calib: [41x40 double]
         BDF: [1x1 struct]
 PhysDimCode: [41x1 double]
        ELEC: [1x1 struct]
  LeadIdCode: [41x1 double]
     CHANTYP: '                                         '
InChanSelect: [40x1 double]

我尝试使用EEGLab函数来保存转换后的文件(header)无济于事。我知道如何使用GUI在EEGLab中保存bdf文件。但是,使用GUI不允许进行我需要的转换。

为了保存我尝试使用pop_writeeeg()swrite()的文件,但都没有。

我使用了以下命令:

  1. 首先:

    `pop_writeeeg(header);`
    

    返回:

    Reference to non-existent field 'trials'.  
    Error in pop_writeeeg (line 38)
        if EEG.trials > 1
    
  2. 然后我尝试了:

    `pop_writeeeg(header, '05-new', 'TYPE', 'BDF');`
    

    返回了:

    Reference to non-existent field 'chanlocs'.
    Error in pop_writeeeg (line 66)
    if ~isempty(EEG.chanlocs)
    
  3. 我的下一步是以下列方式使用swrite()

    `swrite(header, '05-new');`
    

    返回了:

    Error SWRITE can not be applied, File 05-AM-200-Deci.bdf is not opened in WRITE mode
    
  4. 我很确定我在这里缺少一些简单的东西。

    有谁知道如何将转化的EEG(bdf)数据保存回bdf文件?

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

EEGLAB工具箱不包含您需要的功能;你想要Biosig toolbox(它是EEGLAB的一个插件)。 Biosig功能的范例很不寻常。它在结构中使用带有文件句柄的数据结构。因此,要打开文件然后保存修改后的数据,您需要执行以下步骤:

1)打开BDF文件并读入数据。此步骤检索文件元数据并创建元数据结构(如问题中所示)。

[raw_data,meta_data] = sload('05-AM-200-Deci.bdf',[1:40],'OVERFLOWDETECTION:OFF');

2)即使转换只涉及元数据,您也必须使用原始数据&重写文件。元数据。您的数据必须位于大小为Rows x Number_of_Channels的变量中。根据.bdf文件的功能,您可能必须添加一个表示状态通道的附加列。

% do the transforms here. If it does not affect the raw data, no need to change variables.
transformed_data = raw_data; % transformed data to be saved to a file
meta_data.fZ = zeros([1 meta_data.NS]);
transformed_data(:,meta_data.NS)=0;

3)打开文件写入警告:这将删除光盘上的文件

meta_data = sopen(meta_data,'w');

4)将数据保存到文件中:

swrite(meta_data,transformed_data);

5)关闭文件:

sclose(meta_data);

我使用可用的测试文件here对此进行了测试。 BDF格式是旧的并且有很多选项,因此在此脚本中有一个额外的步骤来填充“状态”通道(通道17),以使其与Biosig功能一起使用。

[s,hdr] = sload('Newtest17-2048.bdf');     % get the raw data from the file
hdr.fZ = zeros([1 hdr.NS]); s(:,hdr.NS)=0; % (create "missing" channel values)
hdr = sopen(hdr,'w');                      % open the file for writing (ERASES FILE!)
swrite(hdr,s);                             % write data to the file
sclose(hdr);                               % close the file

问题中链接的.bdf文件也需要“缺少频道”的黑客攻击。