单步执行一系列分组逻辑门

Question

我正在进行蛋白质 - 蛋白质相互作用的模拟。我正在使用 Python 来编写逻辑门作为模拟蛋白质相互作用的函数。 我的模型基本上是一系列包含逻辑门的组（g4到list）（见图）。最初，我设置了一个包含我的组的dict，然后为每个组设置一个seedValues，其中包含带有起始值的蛋白质（节点）（所谓的t=0，它们是在g0）处启动网络参数。

我的问题是：有没有办法迭代我的组（及其逻辑门函数），从t处的组0（图像中的t=t+1）开始，以及g0执行论坛g1和g0，然后在g1执行三个论坛g2，t=t+2和t=m，等等直到m，其中g0是想要的迭代次数？

  

澄清：也许我不清楚。我的问题是：说我写了一个逐步遍历我的组的函数。它   从时间t=0的{​​{1}}开始，执行，存储和输出所有内容   该组中的大门，加上所有大门“前方”（g1到   g4）。完成后，该功能将时间向前一步   （t=t+1）并转到g1并再次执行，包括输出   群组g2到g4。现在是错误蔓延的地方：准确无误   模型，我需要在时间g0执行t=t+1，之前   程序步骤g2。如何使我的程序输出如此   执行的连续“波浪”？我想我可能需要使用   递归，但我不知道如何。

请参阅“群组”here的含义示例图片。 图像注释： A 和 B 是开关（程序应该更改它们，作为研究扰动的一种方式）， C 是一个常数（从未改变）。 J 是输出（主要用于显示）。只要 A = 0， D 和 F 就会以振荡的方式构建。

我在Stack Exchange和Stack Overflow上搜索过这个;虽然我看到许多问题与我感兴趣的领域相关（1，2），但我没有看到任何我确定具体解决我的问题的问题。谢谢你的时间。

Answer 1

在我看来，你的问题减少了几个嵌套循环。如果将所有组放入名为gx的列表中，并将时间t逐步从0增加到某个值tmax，则在Python中看起来像这样......

for t in range(tmax):
    for i in range(t):
        nodeExecute(gx[i])

每次增加t时，除了之前的所有组之外，还会再执行一个组。如果我还没有理解，请道歉。