Question

我在让R在函数调用中识别我的值列表（在RStudio中）中的项目时遇到了一些麻烦（这里只是将它称为泛型函数）。这是一个例子......如果我直接输入以下内容，以下工作正常：

result <- function(cnv.chr1.S1, cnv.chr1.S2, cnv.chr1.S3)

因为cnv.chr1.S1，cnv.chr1.S2和cnv.chr1.S3是我之前创建的对象（特别是GRanges对象）。

但是当我在不同的染色体上循环并且实际上有超过3个样本（S1，S2，S3）时，我尝试了以下（在此简化）

chrom <- paste("chr", 1:1, sep = "")
sample.names <- paste("S", 1:3, sep = "")
for (thischrom in chrom)
{
  for (sample in sample.names)
  {
    a <- function(list(paste(paste("cnv", thischrom, sep = "."), sample.names, sep = ".")))
  }
}

但是，它不起作用，因为

paste(paste("cnv", thischrom, sep = "."), sample.names, sep = ".")

只创建一个与我的“值”列表中的项目名称相同的项目的字符列表。如何让R访问我的值列表中的相应对象？

感谢您的任何想法！

史蒂夫

Answer 1

你在找这样的东西吗？

library(dplyr)

chrom <- paste("chr", 1:1, sep = "")
sample.names <- paste("S", 1:2, sep = "")

cnv.chr1.S1 = c(1, 2)
cnv.chr1.S2 = c(2, 3)

result = 
  data_frame(chrom = chrom) %>%
  merge(data_frame(sample.names = sample.names) ) %>%
  rowwise %>%
  mutate(object = 
           paste("cnv", chrom, sample.names, sep = ".") %>%
           parse(text = .) %>%
           eval %>%
           list)

识别R in for循环中值列表中的项目

1 个答案: