Question

我有4个文件需要与另一个文件合并并保存。这是我到目前为止所尝试的，

keytool -importcert -file [output-file-name].cer -keystore [truststore-file-name].jks -alias [alias]

但是当我打印files_merged时，它只有标题，

ref ='/home/user/Dir/Reference'
ref = pd.read_csv(ref, sep='\t', header=0)
#T_seq = T_seq.reset_index(drop=False)
#data_frames = []
for filename in file_DE:
    name   = os.path.basename(os.path.normpath(filename))
    files  = pd.read_csv(filename, sep='\t', header=0)
for eachfile in files:
    files_merged  = pd.merge(eachfile, ref , left_on='Gene' , right_on= 'Gene')

我的意思是一个空的数据框，索引＆＃39;基因＆＃39;来自档案参考和所有其他文件＆＃39;有匹配的行，但这样它只返回一个空的数据帧。

最后，我所瞄准的是一个数据框，其中所有行都填充了值，而不是我现在拥有的只是标题和空数据框。

非常感谢任何帮助

谢谢

Answer 1

您确定Gene列的交集不为空吗？

因为这有效：

from pandas import DataFrame, merge

from numpy.random import randint, seed

seed(4321)

shape = (10,2)

ref = DataFrame(
    data=randint(1, 4, shape),
    columns=['a','b']
)

csvs = [DataFrame(randint(1, 13, shape), columns=['a','c']) for _ in range(4)]

for csv in csvs:
    print merge(
        csv, ref,
        left_on='a',
        right_on='a'
    ).head()

输出：

Answer 2

你可以这样做：

sep = r'\s+'
ref ='/home/user/Dir/Reference'
ref = pd.read_csv(ref, sep=sep, header=0)

for filename in file_DE:
    name = os.path.basename(os.path.normpath(filename))
    df   = pd.read_csv(filename, sep=sep, header=0)
    pd.merge(df, ref, on='Gene').to_csv('merged_' + name, index=False)

Pandas合并多个文件并将其保存在同一个文件中

2 个答案: