来自不同块的数据和图

时间:2016-04-06 15:17:52

标签: r ggplot2 knitr chunks

我正在用R studio,markdown和knitr创建一个Word报告,我遇到了一些麻烦。

我的r代码包含几个块,因为在块之间,我想要包含我的报告应该包含的文本。

我遇到的问题是:如果使用单个块,那么报告是可以的,但我不能在报告中包含要写入的文本/注释,除非我也打印代码(对吗?) 。但是,如果我使用多个块,那么在编译时,报告中不会包含绘图并显示警告消息:

pandoc.exe: Could not find image `Scriptv01_files/figure-docx/4.PLOTS-1.png', skipping...

它仅适用于HTML输出:报告包括所有图,但不包括DOC或PDF输出。

我认为问题在于数据对象是在不同的块中创建的,但我尝试过“缓存”。和' autodep'选项没有成功。

如何做到这一点?代码的问题是什么? 非常感谢!

这里我提供一个代码示例:

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output: word_document
---

# PROJECT: IRIS STUDY
#### Statistical Analysis

```{r setup}
  require(knitr)
  opts_chunk$set(echo = TRUE, message=FALSE, warning=FALSE, comment='')
```

```{r read data}
  dataset<-iris
```

### Data Descriptive by Iris Specie   
```{r 4. ANALYSE DATA -  DATA DESCRIPTION BY SPECIE}
  require(ggplot2)
  ggplot(dataset, aes(Species)) + geom_bar(aes(fill=Species))+
      labs(x = "Species", y = "Number of Flowers")+ ggtitle("Fisher's Iris data set")
```

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

knitr使用块名称作为图像文件名的一部分。块名4. ANALYSE DATA - DATA DESCRIPTION BY SPECIE无效,这是未创建绘图的原因。用有效名称替换名称可以解决问题:

  

在块标签和目录名称[Source]

中避免使用空格和句点.