Question

我有一些简单的rmarkdown代码可以生成一些HTML。当我运行这段代码时，我在控制台中得到了一堆输出，如下所示..

| ......... | 14％没有R代码的普通文本

| ................... | 29％ label：unnamed-chunk-1（带选项）清单2 $ results：chr“asis” $ echo：logi FALSE

| ............................ | 43％没有R代码的普通文本

| ..................................... | 57％ label：unnamed-chunk-2（带选项）清单2 $ results：chr“asis” $ echo：logi FALSE

| .............................................. | 71％没有R代码的普通文本

| .............................................. .......... | 86％ label：unnamed-chunk-3（带选项）清单2 $ results：chr“asis” $ echo：logi FALSE

| .............................................. ................... | 100％内联R代码片段

以下是生成此输出的代码..

---
output:
  html_document:
    theme: null
    highlight: null
    css: src/bootstrap.css
---
<link href="src/style.css" rel="stylesheet">

<div id="page">

<h3 id="title-style"> Identification of Respiratory Tract Pathogens by Unbiased Sequencing </h3>

  <p id="inline">Patient: </p>
  <p id="inline">Date of Birth: </p>
  <p id="inline">Gender: </p>
  <p id="inline">Physician: </p>
  <p id="inline">Client: </p>
  <p id="inline">Client Address: </p>

<div id="logo2-lp">
  ![logo](src/logo.png)
</div>

<div id="spacer"></div>

<h3 id="header-style-vir"> Detected Pathogens </h3>
<table id="table-style-vir">
<tr>
 <td>
```{r results='asis', echo=FALSE}
  library(xtable)
  print(xtable(pathogens_table2[c(1:nrow(pathogens_table2)),c(4:10)]),type='html',include.rownames=FALSE)
```
 </td>
</tr>
</table>

<h3 id="header-style-vir"> Evidence for Detection </h3>

<div id="font-style-text">
<font size=1 >
"Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat."
</font>
</div>


</div>

我尝试在嵌入的R代码中添加选项，例如warning = FALSE，message = FALSE，error = FALSE，results ='HIDE'，echo = FALSE或所有这些的组合都没有成功。我在调用markdown文件时也试过这段代码..

 suppressMessages(rmarkdown::render(“markdown_file.Rmd", output_file = “output.html”))

这并没有给我我期待的结果。如何在运行rmarkdown文件时完全删除输出到控制台？

Answer 1

除了使用render()选项的Roman解决方案之外，您还可以修改文件顶部附近的块中的opts_knit设置，例如：

```{r}
opts_knit$set(progress=FALSE, verbose=FALSE)
```

这样即使您没有直接致电render()，也会隐藏进度。

如何在生成HTML时使用rmarkdown删除输出消息，

1 个答案: