Sbatch：传递作业名称作为输入参数

Question

我有以下脚本用slurm提交作业：

#!/bin/sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J $3 #job_name 
#SBATCH -n 1 #Number of processors
#SBATCH -p CA 

nwchem $1 > $2

第一个参数（$ 1）是我的输入，第二个（$ 2）我的输出，我想第三个（$ 3）确实是我的工作名称。如果我喜欢这样，那么工作名称是'$ 3'。如何将作业名称作为脚本的参数？

由于

Answer 1

SBATCH指令被shell视为注释，它不会在$3上执行变量替换。有几种行动方案：

选项1：在命令行上传递-J参数：

sbatch -J thejobname submission_script.sh input.data output.res

选项2：通过stdin传递脚本，将位置参数（$1，$2等替换为已命名的位置参数）

IN=input.data OUT=output.res NAME=thejobname <submission_script.sh sbatch 

选项3：编写包装器

#!/bin/bash
sbatch <<EOT
#!/bin/sh
#SBATCH -J $3 #job_name 
#SBATCH -n 1 #Number of processors
#SBATCH -p CA 

nwchem $1 > $2
EOT

并像这样使用它：

submit.sh input.data output.red thejobname

另请注意，第二个shebang（#!/bin/bash）没用，被（父）shell忽略。