Question

我有多个Phylip格式的数据集（下面指定），我想使用这个python代码转换为Fasta（下面指定）：

for j in range(1, 10):
    inFile = open('/path/to/input_sequence/seqfile_00' +str(j) + '.txt', 'r')
    outFile = open('/path/to/output_sequence/Fasta/seqfile_00' + str(j) +'.txt', 'w')
    inLines = inFile.readlines()
    inFile.close()
    outLines = inLines[1:17]
    for line in outLines:
        if line.startswith('\n'):
            line = line.replace('\n','')
        outFile.write(line.replace('  ',' \n').replace('sequence', '>sequence'))
outFile.close()

这就是我的Phylip（input_sequences）的样子：

8 1500\n
\n
sequence1  CTGTCCTTG...\n
\n
sequence2  CTGTCGTTG...\n
\n
sequence3  CTGCGTATG...\n
\n
sequence4  CTATGCCTG...\n
\n
sequence5  AGGTGTAAG...\n
\n
sequence6  AGGTGTAAG...\n
\n
sequence7  AAATTCAAA...\n
\n
sequence8  AAGTCCAAA...\n
\n

这就是我想要的output_sequences（Fasta格式）：

>sequence1 \n
CTGTCCTTGG...\n
>sequence2 \n
CTGTCGTTGG...\n
>sequence3 \n
CTGCGTATGG...\n
>sequence4 \n
CTATGCCTGG...\n
>sequence5 \n
AGGTGTAAGG...\n
>sequence6 \n
AGGTGTAAGA...\n
>sequence7 \n
AAATTCAAAG...\n
>sequence8 \n
AAGTCCAAAA...\n

当我运行上面的代码时，我得到j = 1的正确输出但是下面的j（2：9）我得到了这个输出

\n
>sequence1 *red inverted question mark*CTGTCCTTGG...\n
>sequence2 *red inverted question mark*CTGTCGTTGG...\n
>sequence3 *red inverted question mark*CTGCGTATGG...\n
>sequence4 *red inverted question mark*CTATGCCTGG...\n
>sequence5 *red inverted question mark*AGGTGTAAGG...\n
>sequence6 *red inverted question mark*AGGTGTAAGA...\n
>sequence7 *red inverted question mark*AAATTCAAAG...\n
>sequence8 *red inverted question mark*AAGTCCAAAA...\n

（...是继续序列，红色反转问号是我在文本管理员中显示隐形时所看到的。）

我想一般的问题，以及为什么我感到困惑，为什么/如何为j = 1而不是其他数字的代码工作正常？以及如何解决这个问题？

提前致谢！

Answer 1

使用strip()和bool过滤器：

user_shifts_path(:id=>@shifts)

在python中迭代给出了不同的操作

1 个答案: