Question

这是我试图通过首次运行PCA进行分析的示例文件：

A01_01  A01_02  A01_03  A01_04  A01_05  A01_06  A01_07  A01_08  A01_09  A01_10 A01_11   A01_12  A01_13  A01_14  A01_15  A01_16  A01_17  A01_18  A01_19  A01_20  A01_21  A01_22  A01_23  A01_24  A01_25  A01_26  A01_27  A01_28  A01_29  A01_30  A01_31  A01_32  A01_33  A01_34  A01_35  A01_36  A01_37  A01_38  A01_39  A01_40  A01_41  A01_42  A01_43  A01_44  A01_45  A01_46  A01_47  A01_48  A01_49  A01_50  A01_51  A01_52  A01_53  A01_54  A01_55  A01_56  A01_57  A01_58  A01_59  A01_60  A01_61  A01_62  A01_63  A01_64  A01_65  A01_66  A01_67  A01_69  A01_70  A01_71
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1 
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1

使用以下脚本：

#!/usr/bin/env python
from sklearn.decomposition import PCA
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np    
data = np.loadtxt('/Users/cmdb/Desktop/Lab6_GWAS/variants1.txt', skiprows=1)
pca = PCA(n_components=2)
fit = pca.fit_transform(data) #Fit is PCA(copy=True, n_components=2, whiten=False)

plt.figure()
plt.scatter(fit[:,0], fit[:,1])
plt.show()

请注意我想绘制前两个组件，据我了解我正在这样做

这是我得到的情节：

我想从中提取一些信息，并确保通过在前两个组件上执行PCA来做到这一点。

此外，当我将n_components中的pca = pca(n_components)更改为2或5时，没有任何变化。任何想法为什么或我做错了什么？

Answer 1

尝试打印结果的形状。

print (fit.shape)

返回的元组的第二个元素应该与n_components相同如documentation中所述：n_components代表

要保留的组件数量

如果您想要查看具有2个或3个以上维度的数据，请查看this page，也许您可以尝试使用t-SNE来减少数据的维度而不是PCA（如果您的关注是可视化的话））。

使用带有2个组件的Python可视化转换后的数据

1 个答案: