如何在不保留内存的情况下比较两个大文本文件

Question

我正致力于开发遗传应用。用户将选择要搜索的数据库文件。

系统应该：

1. 找到以前版本的数据库文件。
2. 找出2个数据库文件之间的差异。
3. 将差异放在第三个文件中。
4. 然后对新文件执行搜索（第三个）。

数据库文件很大（300 GB基因组数据）。我使用Windows作为操作系统，我的应用程序是用js，PHP，Perl和HTML编写的。

找到这些文件之间差异的最佳方法是什么？