请耐心等待我。我是这个网站的新手。
我正在使用coxph（）函数对龟巢生存进行建模，并且遇到了物种与巢笼之间的相互作用项的混乱问题。我养了3种龟（每种7,10和111个巢）。
物种（1）的所有巢穴都有巢笼，有7个巢穴。
物种（2）的所有巢穴都没有巢笼，有10个巢穴。
物种（3）的巢穴约有一半有巢笼，有111个巢穴。
这是我的模型，包含摘要输出：
S<-Surv(time, event)
n8<-coxph(S~species:cage, data=nesta1)
Warning message:
In coxph(S ~ species:cage, data = nesta1) :
X matrix deemed to be singular; variable 1 5 6
summary(n8)
Call:
coxph(formula = S ~ species:cage, data = nesta1)
n= 128, number of events= 73
coef exp(coef) se(coef) z Pr(>|z|)
species1:cageN NA NA 0.0000 NA NA
species2:cageN 1.2399 3.4554 0.3965 3.128 0.00176 **
species3:cageN 0.5511 1.7351 0.2664 2.068 0.03860 *
species1:cageY -0.1054 0.8999 0.6145 -0.172 0.86379
species2:cageY NA NA 0.0000 NA NA
species3:cageY NA NA 0.0000 NA NA
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95
species1:cageN NA NA NA NA
species2:cageN 3.4554 0.2894 1.5887 7.515
species3:cageN 1.7351 0.5763 1.0293 2.925
species1:cageY 0.8999 1.1112 0.2698 3.001
species2:cageY NA NA NA NA
species3:cageY NA NA NA NA
Concordance= 0.61 (se = 0.038 )
Rsquare= 0.079 (max possible= 0.993 )
Likelihood ratio test= 10.57 on 3 df, p=0.01426
Wald test = 11.36 on 3 df, p=0.009908
Score (logrank) test = 12.22 on 3 df, p=0.006672
我知道我会对物种1和物种2具有奇点，但不会物种物种3。为什么物种3物种3：物种3＆＃34;当有3种巢穴的巢穴时，它们是单数的？ 物种1和物种2即使它们具有那些奇点也可以吗？
编辑：我在数据中找不到任何错误。我有几个巢的时间变量的十进制数字，但对于没有巢笼的物种3巢而言，这似乎不是问题。对于物种3，我有巢和笼子的巢的全部时间值，对于有巢和没有巢笼的巢，我都有真假事件。
编辑： 与（nesta1，表（事件，物种，笼子））
, , cage = N
species
event 1 2 3
0 0 1 24
1 0 9 38
, , cage = Y
species
event 1 2 3
0 4 0 26
1 3 0 23
编辑2：我理解只有交互的模型不是很有用，但是无论模型中是否有其他主要效果，交互项结果的行为都是一样的。我已经删除了其他主要效果来简化这个问题。
谢谢！